В XIII в. город стал важным экономическим центром внутренних районов Лейнстера. Ирландское население вытеснялось в анклавы под управлением гэльских вождей. Ирландцы были лишены права занимать высокие церковные должности; епископские кафедры, монастыри и коллегиальные церкви передавались англичанам. Корнелий Мак-Гелан (1206–1223 гг.) был последним ирландским епископом Килдэра, после его смерти на кафедру был назначен Ральф из Бристоля (1223–1232 гг.). По указанию епископа Ральфа на месте прежнего церковного поселения началось строительство кафедрального собора св. Бригиты. В середине XIII в. владения в графстве Килдэр перешли под контроль семейства де Весси (Вески); к этому времени исследователи относят данные об основании монастырей нищенствующих Орденов. По указанию Уильяма де Весси в городе была построена обитель францисканцев («Серый монастырь», 1254 г.), ставшая усыпальницей графов Килдэра, а также обитель кармелитов («Белый монастырь», около 1290 г.). К 1307 г. исследователи относят первое упоминание о церкви св. Марии Магдалины с госпиталем. В конце XIII в., с ослаблением английской власти над Ирландией, положение города ухудшилось: ему начали угрожать гэльские и англо-ирландские магнаты. В 1294 г. замок Килдэра был захвачен Ан Калвахом О Конхобаром, предводителем О Фальге, который подверг город разорению. В 1316 г. город и замок были пожалованы Джону Фицтомасу Фицджеральду, получившему титул графа Килдэра в благодарность за верность английской короне во время шотландского вторжения в Ирландию (1315–1318 гг.). В это время население города составляло от 1 до 1,5 тыс. человек, после эпидемии «черной смерти» (1348–1350 гг.) оно существенно сократилось и продолжало сокращаться в дальнейшем. Важнейшими городами графства стали Нейс и Мейнут. Несмотря на то что епископство Килдэра находилось на территории английской колонии, большинство клириков были ирландцами. Уровень образования приходского духовенства был невысок, доходы невелики. В лучшем состоянии находились монастыри и капитулы коллегиальных церквей. Так, в Нейсе действовали приорат августинцев регулярных каноников во имя св. Иоанна Крестителя, обители доминиканцев и августинцев-еремитов. Среди крупнейших монашеских общин в епископстве был августинский приорат во имя Пресвятой Девы Марии и св. Давида в Грейт-Коннелле близ города Ньюбридж, основанный в начале XIII в. Мейлером Фиц-Генри. Монастырь Грейт-Коннелл отличался особенно строгим отношением к отбору братии (например, в обитель не принимались ирландцы).