Родители Клары Ассизской противились её монашескому обращению и намеревались устроить её брак с Раньери ди Бернардо, представителем знатного рода. Позднее Раньери ди Бернардо выступил на канонизационном процессе как свидетель и подтвердил, что Клара Ассизская настойчиво отвергала все уговоры выйти замуж и была твёрдой в намерении посвятить себя монашеской жизни. Клара Ассизская продала своё имущество (исследователи полагают, что речь идёт об имуществе, которое находилось в её распоряжении, т.е. о приданом) и ночью в Вербное воскресенье 1211 (или 1212) г. оставила отчий дом и отправилась к церкви Санта-Мария-дельи-Анджели, где жили св. Франциск Ассизский и его соратники. Здесь во время службы Клара Ассизская облачилась в грубую одежду, ей остригли волосы, а затем св. Франциск Ассизский проводил её в бенедиктинское аббатство Сан-Паоло-делле-Аббадессе близ Ассизи. Разгневанные родственники Клары Ассизской прибыли вооружёнными в монастырь, намереваясь силой увести девушку. Тем не менее, она осталась в обители, хотя вскоре (по мнению исследователей, из-за давления со стороны членов семьи) отправилась в женский монастырь Сант-Анджело-ди-Панцо у подножия горы Субазио. Спустя несколько дней к ней присоединилась её 16-летняя сестра Агнесса; Клара Ассизская помогла ей укрыться от преследования родственников. Через некоторое время вокруг Клары Ассизской собралась группа женщин. Однако образ жизни монахинь-бенедиктинок не соответствовал францисканскому идеалу бедности, избранному Кларой Ассизской и её соратницами. Поэтому, следуя указаниям св. Франциска Ассизского, они поселились близ церкви Сан-Дамиано недалеко Ассизи (ныне в черте города). Поскольку церковь Сан-Дамиано находилась в юрисдикции местного епископа, исследователи предполагают, что он был осведомлён о новой женской общине и одобрял её деятельность. В 1215 г. Клара Ассизская стала аббатисой обители Сан-Дамиано. В течение нескольких лет женская община жила без устава, следуя лишь кратким предписаниям св. Франциска Ассизского. Впоследствии они были записаны и легли в основу устава женского Ордена кларисс, составленного Кларой Ассизской в 1247 г. В 1252–1253 гг. устав был утверждён папой Иннокентием IV. Главными принципами женской общины Клары Ассизской являлись жизнь в соответствии с евангельскими заветами, добровольная бедность, следование образу жизни св. Франциска Ассизского. Женщины молились и занимались ручным трудом. В отличие от членов мужского Ордена францисканцев монахини не могли вести странствующую жизнь (см. Нищенсвующие Ордены). В целом община кларисс более соответствовала бенедиктинской монашеской модели. Согласно Житию, Клара Ассизская руководила общиной с любовью и со снисходительностью, усердно поддерживала дисциплину. Она была строгой, прежде всего, по отношению к себе: соблюдала умеренность в еде, под одеждой носила свиную кожу щетиной к телу и власяницу из конского волоса, спала на голой земле или на охапке виноградных ветвей, положив под голову камень (Франциск Ассизский велел ей использовать мешок с соломой).