С грузинской стороны в них приняли участие Горийский епископ Евфимий (Элиашвили), Гурийско-Мингрельский епископ Георгий (Аладашвили), Имеретинский епископ Леонид (Окропиридзе), Кирион. Также проект восстановления автокефалии Грузинской православной церкви поддерживали профессора Николай Яковлевич Марр, Александр Антонович Цагарели, Александр Соломонович Хаханашвили, Николай Александрович Заозёрский. Кирион прочитал четыре доклада: «Грузинский церковный вопрос: Историко-каноническое обоснование», «Что вынуждает грузин добиваться восстановления автокефалии своей Церкви?», «Какой Иверии дарована автокефалия в XI в.?», «Национальный принцип в Церкви». Он критиковал деятельность русских самодержцев на Кавказе и наиболее полно выразил аргументацию сторонников автокефалии. В протокол второго заседания второго отдела Присутствия была внесена информация о том, что Кирион и его сторонники планировали восстановить Грузинскую православную церковь не только на её канонических территориях, но и на всём христианском Кавказе, куда помимо Грузии входили также Северная Осетия, Армения, Дагестан и Бакинская губерния. Кирион и его сторонники объявили эти сведения фальсифицированными, и Кирион опроверг их в «Прибавлениях к Церковным ведомостям» (1907 г. №7). Он написал, что речь шла о восстановлении Грузинской православной церкви в границах, «которые были перед присоединением Грузии к России, когда во главе стоял Мцхетский католикос». По «Проекту реорганизации Грузинской Церкви», утверждённому собранием грузинского духовенства и опубликованному в «Духовном вестнике Грузинского Экзархата» (1906 г. №3), это были территории «в границах современной Тифлисской и Кутаисской губерний, Закатальского, Сухумского, Батумского и Карсского округов». Вопрос об автокефалии Грузинской православной церкви не был решён положительно. Второй отдел Предсоборного Присутствия принял один из проектов протоиерея И.И. Восторгова, согласно которому Грузинский экзархат следовало упразднить, в Грузии образовать два митрополичьих округа. Обсуждение этого проекта, особенно в связи с ним текста 34-го Апостольского правила, продолжалось между Н.А. Заозёрским и профессором Николаем Никаноровичем Глубоковским на страницах «Богословского вестника». В последней четверти XIX – начале XX вв. российское правительство стремилось исправить свои ошибки и достичь умиротворения в Закавказье, на должность экзарха Грузии выбирали наилучших представителей высшего духовенства Русской православной церкви. 9 июня 1906 г. экзархом стал архиепископ Владимирский Никон (Софийский). Автокефалисты встретили это назначение враждебно: два священника послали экзарху письмо с угрозами, имеретинское духовенство направило телеграмму протеста, тифлисское духовенство бойкотировало приезд Никона (Софийского). Новый экзарх придерживался принципа взвешенной церковной политики и решения насущных проблем Экзархата; занимался социальными проблемами, восстановлением грузинских церквей и монастырей; относительно церкви в Закавказье считал целесообразным присоединить русское и греческое население к русским епархиям, а грузинские части Экзархата, выделив Бакинскую (с Карским викариатством для армян) и Абхазо-Сухумскую епархии, предоставить известную долю самостоятельности.