После вхождения этих территорий в состав России здесь, как и на остальных грузинских территориях с начала XIX в., произошли значительные изменения: появление русских переселенцев способствовало увеличению количества не знакомого с местными обычаями русскоязычного духовенства, возникновению не типичных для данных мест храмовой архитектуры, церковного пения, иконописи и т.д. В Абхазии усиливалось культурное влияние русских, и оно было благосклонно воспринято кавказскими народностями, которые противопоставляли себя грузинскому этносу, который стремился к объединению грузинских исторических территорий и грузинских этнографических групп. Кирион противопоставил свою деятельность российской политике, не признававшей особого права грузин на территории в Абхазии. Жандармский надзор за Кирионом снят не был. Так, помощник начальника Кутаисского губернского жандармского управления в Сухумском округе в донесении от 17 февраля 1907 г. писал, что Кирион – «одна из главных поддержек существующей в названном округе партии социалистов-федералистов», он добивается введения грузинского языка в народных школах и за богослужением, принимает участие в издании материалов, доказывающих принадлежность этого региона Грузии (Государственный архив Российской Федерации). Кирион считал, что его назначение на Сухумо-Абхазскую епархию обусловлено необходимостью удовлетворения религиозных и национальных требований и умиротворения местного населения. Он не только восстановил богослужение и обучение на грузинском языке, что до него было полностью запрещено Сухумским епископом Арсением (Изотовым; 1895–1905 гг.), но и ввёл аналогичные права для абхазской паствы. Обстановка в Тифлисе также была накалена, вопросы об автокефалии Грузинской православной церкви, о возрождении грузинской монархии и об отделении Грузии стали открыто обсуждаться в печати. В 1905 г. Имеретинский епископ Леонид (Окропиридзе) образовал «Братство восстановления независимости (свободы) Грузинской Церкви»; по данным полиции, братство начало сотрудничать с революционными организациями леворадикального толка (анархистами). Одновременно сформировалось праворадикальное движение русских националистов, что усилило взаимную нетерпимость населения Закавказья. 10 августа 1905 г. братство обратилось к грузинскому духовенству с воззванием о поддержке движения автокефалистов (Центральный государственный исторический архив Грузии). Как следует из эпистолярного наследия Кириона, в этот период ему неоднократно предлагали должность экзарха Грузии; по мнению исследователей, власти считали, что назначение грузина на эту должность (в течение почти 90 лет экзархами Грузии были только русские по происхождению архиереи) могло бы существенно разрядить обстановку; однако Кирион категорически отказывался, считая этот шаг полумерой. Кирион принял деятельное участие в работе Предсоборного Присутствия Русской православной церкви в Санкт-Петербурге, созванного в 1906 г. с целью подготовки и изучения проекта предстоящих реформ церкви. Заседания второго отдела Присутствия «Об устроении церковных дел на Кавказе», на которых рассматривались вопросы государственного или национального деления как основания для введения церковной автокефалии, а также вопросы, непосредственно связанные с восстановлением автокефалии Грузинской православной церкви, начались 2 июня 1906 г. в Александро-Невской лавре.