Согласно ведомостям 1720 и 1722 гг., монастырь владел 16 четвертями пахотной земли, на которой высевались рожь и овёс, двумя мельницами, рыбными ловлями на реке Онеге и в Онежской губе; денежная и хлебная руга поступала «очень неисправно». К 1764 г. в «селеньях того монастыря», Неминой Губе и Роксе, находились дворы с жилыми избами, амбарами и банями. В устье реки Яндомы была мельница. К 1887 г. Клименецкий монастырь владел пахотной (около 15 десятин), сенокосной (10 десятин) и другими землями, рыбными ловлями, в начале XX в. – 234 десятинами земли (в том числе около 38 десятин пахотной, 31 десятиной 100 кв. саженями сенокосной, 161 десятинами дровяного и строевого леса), рыбными ловлями. Обитель имела капитал в 13,6 тыс. руб. В первой половине XVIII в. к Клименецкому монастырю был приписан Машеозерский Илиинский мужской монастырь (в 22 верстах от Петрозаводска), основанный в 1563 (?) г. иеромонахом Иоасафом, бывшим настоятелем Александро-Свирского монастыря. В обители на острове Машеозера (Машезера) стояли деревянные шатровый храм св. Илии Пророка и тёплая трапезная церковь Василия Великого, кельи. Около 1726 г. к Клименецкому монастырю была приписана Соломенская Петропавловская пустынь (в пяти верстах от Петрозаводска), основанная во второй половине XVI в. старцем Кассианом. В пустыни были трапезная церковь апостолов Петра и Павла, колокольня, кельи; впоследствии возведены каменные Петропавловский храм с приделами пророка Илии и св. пророчицы Анны (1795–1798 гг.) и церковь в честь Сретения Господня с приделами в честь Успения Пресвятой Богородицы и св. равноапостольных Константина и Елены (1795–1780 гг.). По мнению исследователей, в 1730 гг. к Клименецкому монастырю была приписана Яшезерская Благовещенская пустынь (в 22 верстах от Петрозаводска; близ современного посёлка Ладва, Карелия), основанная не позднее 1579 г. преподобным Ионой Яшезерским. В обители были деревянные холодная церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы с приделом Николая Чудотворца и Преображения Господня, колокольня, кельи; в 1852–1855 гг. был сооружён каменный Преображенский храм. 2 июня 1906 г. указом Синода Клименецкий монастырь был преобразован в женский. Основной благотворительницей обители стала вдова генерал-майора Н.К. Бубнова, положившая в государственный банк 10 тыс. руб. на содержание монастырского причта. Обитель возглавляли игуменьи Христина (1907–1909 гг.), Евгения (1909–1913 гг.), Маркеллина (1913–1915 гг.), Маргарита (1916–1918 гг.). В Первую мировую войну сёстры сотрудничали со Всероссийским союзом помощи больным и раненым воинам. В 1920 г. постройки Клименецкого монастыря были переданы местному совхозу, при котором действовала летняя детская трудовая колония. Вскоре в бывших монастырских помещениях разместили дом инвалидов (закрыт в 1950 г.), пионерский лагерь, а церковь св. праведных Захарии и Елисаветы использовалась как общежитие. До 1924 г. совершались богослужения в небольшой деревянной Ионинской церкви (1905 г.), затем в ней устроили столовую дома инвалидов. В 1929 г. территорию Клименецкого монастыря покинули последние монахини. В сентябре 1945 г. бывшую обитель посетили архитекторы Алексей Николаевич Буйнов и Иван Кузьмич Рыбченко. Впоследствии они включили монастырский каменный храм в «Список церквей и часовен, памятников архитектуры, состоящих на учёте Управления по делам архитектуры при Совете министров КФССР». Сразу после окончания войны были разобраны каменные колокольня, ограда и башня-келья. К июлю 2014 г. сохранилось руинированное здание храма с фрагментами фресок, под спудом которого почивают мощи преподобного.