Царь наделил обитель «на вечные времена» вотчинами и усадьбами, «чёрным лесом от монастыря на пять вёрст» и «водами для рыбной ловли от монастыря на пять вёрст во все стороны», а также выдал несудимую грамоту: «Наместницы наши монастырских слуг и крестьян не судят ни в чём, оприч душегубства с поличным, а ведают и судят их игумен с братиею» (выписка из этой грамоты сохранилась в грамоте царя Михаила Фёдоровича Романова, выданной игумену Алексию в 1615 г.). С середины XVI в. насельники конфликтовали с соседними кижскими, а затем и сенногубскими крестьянами из-за земельных угодий. В 1568 г. в Клименецкий монастырь приехали писец и дозорщик Андрей Лихачёв с подьячим Ляпуном Добрыниным, которые, стараясь разрешить конфликт, по царской грамоте отвели обители земли к северу на пять верст «да до деревни Нятиной губы на две версты, предоставив право братии и на рыбную ловлю в Онеге безоброчно». С 1570 г. Клименецкий монастырь владел починком на реке Яндоме. В 1583 г. царь Иван IV Васильевич пожаловал Клименецкому монастырю земли на реке Роксе в деревне Юхновской в погосте Кижи Шаховской волости. Согласно писцовой книге А. Плещеева 1582/1583 г., обители предоставлено «земли около монастыря на пять вёрст да деревня в Нятиной губе на две версты»; на реке Яндоме была монастырская мельница. Тяжбы Клименецкого монастыря с кижскими и сенногубскими крестьянами о землях и рыбных ловлях продолжались и позже, исследователям известны случаи нападения на игуменов. В 1624 г. царь Михаил Фёдорович пожаловал Клименецкому монастырю право беспошлинной покупки в Новгороде, Ладоге, Вологде, Белоозере, Каргополе, Холмогорах на 150 руб. и провозе «хлеба, и соли, и рыбы, и кож, и масла, и на братию и слуг всякаго платья, и обуви». Согласно писцовым книгам Никиты Панина и Семёна Копылова 1628–1629 гг., Клименецкий монастырь владел землями в округе на пять вёрст, «да того ж монастыря угодья, рыбных ловел на Клименском острове в Онеге озере, да в леших озерка: в озерке Сусалге, в озерке в Естьнуском, в озерке в Рогмо наволоке, да в Черги», причём ловли не облагались оброком. На Онежском озере Клименецкий монастырь имел монастырский двор. Всего обитель владела тремя деревнями (Конда, Осиповщина и Рокса) с пятью монастырскими дворами, пустошью, 37 четями пахотной земли, сенокосом, двухколёсной мельницей с двором в устье реки Яндомы. В 1639 г. царь Михаил Фёдорович предписал новгородскому воеводе выдавать из дворцовых новгородских доходов на 19 насельников ругу по 5 руб. 29 алтын 2 деньги, хлеба по 28 четвертей. Среди вкладчиков XVII в. исследователям известны настоятели Клименецкого монастыря игумены Киприан, Варлаам, Иоасаф (1643 г.), игумены Вяжищского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря Иосиф (1645 г.) и Илия (1647 г.), Александро-Свирского монастыря Авраамий (1646 г.), московский священник Иоанн Васильев (1640 г.). Со времени основания обители до XVIII в. число вкладчиков составило 654 человек. Несмотря на тяжбы, большая часть средств была получена от жителей соседних деревень. Из Сенной Губы зафиксировано 250 вкладчиков, из деревни Конда – 55, из Кижей – 107. К 1699 г. среди владений Клименецкого монастыря упомянуты: деревни Рокса и Осиповщина, угодья Кондонаволок, Берёзовая Сельга, Кужев Тереб, рыбные ловли на озёрах Сусанио и Ястынское, а также две мельницы.