В 1613–1614 гг. монастырь пострадал от набега шведов. Согласно писцовым книгам Никиты Фёдоровича Панина и Семёна Копылова 1628–1629 гг., в Клименецком монастыре стояли новые шатровые храмы: тёплый Троицкий (с трапезной и келарской палатой) и Никольский «о пяти верхах», а также игуменская, келарская, больничная и шесть братских келий; за оградой располагался конюшенный двор. В 1678 г. строитель Феодосий жаловался царю Фёдору Алексеевичу, что Клименецкий монастырь разорён «от немецких людей», церковная утварь, ризница, книги разграблены. К 1700 г. в обители было 24 насельника во главе со строителем. В 1707 г. Клименецкий монастырь сгорел, был восстановлен, к 1725 г. в нём проживало 27 насельников, в 1738 г. – 33, включая строителя иеромонаха Илию, келаря иеромонаха Варсонофия и казначея иеромонаха Тарасия. Некоторое время Клименецкому монастырю покровительствовала императрица Елизавета Петровна, на её средства над могилой преподобного Ионы вместо часовни построили и 2 июня 1757 г. освятили каменную церковь во имя праведных Захарии и Елисаветы. К 1764 г. на территории Клименецкого монастыря находились деревянные Троицкая и Никольская церкви (с приделом Сретения Господня, по другим сведениям, отдельная Сретенская церковь), каменный храм во имя святых Захарии и Елисаветы, шатровая колокольня с семью колоколами, 11 келий (в том числе строительная, хлебная и трапезная); за деревянной оградой – братская поварня, гостиный двор, коровник с кельей, конюшня, баня, амбары, овин с ригой. В середине XVIII в. Клименецкий монастырь пребывал в запустении, богослужения совершались нечасто. В 1746 г. келарь схимонах Варсонофий и казначей схимонах Герман обратились в Олонецкое духовное правление с прошением направить в обитель священника. В Клименецкий монастырь был назначен клирик Кижского погоста священник Иоанн Романов, который по предписанию духовного правления обязывался служить в монастырской церкви «в высокоторжественные и викториальные дни». С 1750 г. из-за недостатка монашествующей братии обителью управлял белый священник из ближайшего Сенногубского прихода Феодор Косьмин (Кузьмин). В 1764 г. по предписанию Новгородской духовной консистории предполагалось упразднение Клименецкого монастыря, но благодаря епископу Олонецкому и Каргопольскому Иоанну (Никитину) он был сохранён как заштатный «безо всякого пособия от правительства»; вместо священника Феодора Косьмина обитель возглавил строитель иеромонах Пафнутий. 18 февраля 1769 г. Клименецкий монастырь был упразднён и преобразован в приход. В 1791 г., по свидетельству путешественника Петра Ивановича Челищева, причётники «кормятся от службы проезжающим в Соловки богомольцам молебнов, малым на том острове хлебопашеством и рыбною на озере Онеге ловлею, а другого никакого промысла не имеют, а оттого и живут очень бедно». По данным «Ведомости о состоянии церквей и приходов» за 1802 г., в Клименецком монастыре проживали престарелый священник Иоанн Леонтьев (переведён в обитель из Типиницкого прихода), дьячок Савва Васильев (сын кижского пономаря Василия Алексеева), пономарь Дмитрий Иванов (произведённый на должность из «праздноживущих») и заштатный пономарь Димитрий Иванов (сын сенногубского священника Феодора Косьмина). Большинство из них нигде не обучались, богослужение и церковное пение «знали по ноте и наслышкою».