С 1809 г. клименецкие храмы из-за отсутствия приходских дворов и, как полагают исследователи, после кончины священника были переведены в состав Сенногубского прихода. Монастырской пашенной и сенокосной землёй (234 десятины 1930 кв. сажён) пользовались сенногубский священник и причт. К началу 1833 г. клир церквей состоял лишь из пономаря Иванова. 27 июля 1833 г. первый епископ Олонецкий и Петрозаводский Игнатий (Семёнов) обратился в Синод с прошением о восстановлении Клименецкого монастыря как приписного к Олонецкому архиерейскому дому, 4 октября того же года прошение было удовлетворено. В справке, предоставленной епископом Игнатием (Семёновым) в консисторию, указывалось, что Клименецкий монастырь достоин восстановления, поскольку в нём находилась церковь во имя святых Захарии и Елисаветы, небесных покровителей императрицы Елизаветы Петровны, благоволившей к обители. Клименецким монастырём стал управлять эконом архиерейского дома иеродиакон Иона, который 1 октября 1835 г. был возведён в сан иеромонаха и стал служить в монастырских храмах сначала лишь по воскресным и праздничным дням (с 1853 г. совершались уже ежедневные службы). Архиепископ Игнатий (Семёнов) написал очерк истории Клименецкого монастыря с использованием документов из монастырского архива, инициировал ремонт храмов, строительство жилых и хозяйственных зданий, пожертвовал в обитель часть своего имущества из архиерейских покоев в Петрозаводске (в том числе диван, два кресла с кожаными подушками, восемь стульев, комод из ольхи и берёзы, два зеркала). Во второй половине XIX в. в Клименецком монастыре, обнесённом каменной оградой (середина 1850 гг.), находились деревянные девятиглавая Троицкая и Никольская церкви (с приделом Сретения Господня), каменный храм святых Захарии и Елисаветы (неоднократно ремонтировался, 31 марта 1840 г. заново освящён, в 1857 г. расписаны внутренние стены и своды), колокольня (1851–1853 гг.) с семью колоколами (самый большой весил 50 пудов 27 фунтов), а также три деревянных дома и хозяйственные службы. Деревянная Никольская церковь была отремонтирована и, как полагают исследователи, в 1848 г. перенесена на другое место на территории обители. В 1875 г. был построен тёплый храм во имя Николая Чудотворца. 20 мая 1860 г. по инициативе архиепископа Олонецкого и Петрозаводского Аркадия (Фёдорова) указом Святейшего Синода Клименецкий монастырь стал самостоятельной общежительной обителью «на собственных способах содержания, с настоятельством строительским и 7 монашескими вакансиями». 15 апреля 1902 г. от пожара пострадали все деревянные постройки. По инициативе игумена Варнавы (Накропина), имевшего широкие связи в столице, здания были отстроены и отремонтированы на пожертвования, в том числе членов царской семьи, великого князя Константина Константиновича Романова и его супруги великой княгини Елисаветы Маврикиевны. Великая княгиня Александра Иосифовна, мать великого князя Константина, подарила обители пожарную машину «на четырёхколёсном ходу со всеми принадлежностями». На средства купца Ивана Михайловича Коровина был построен и 1 октября 1905 г. игуменом Варнавой (Накропиным) освящён небольшой деревянный храм во имя преподобного Ионы. В сентябре 1901 г. в Клименецком монастыре прошли вторые миссионерские курсы, организованные Олонецкой противораскольнической миссией. 1 октября 1901 г. по благословению игумена Варнавы (Накропина) при Клименецком монастыре была открыта школа грамоты, ученики которой жили на полном монастырском обеспечении. В 1902 г. она была преобразована в одноклассную церковноприходскую школу с отдельным учебным корпусом, столовой, спальней, комнатой для надзирателя. Мальчики обучались грамоте, а также портняжному, сапожному, токарному, столярному ремёслам.