На этой стене частично сохранилась фреска, изображающая Иисуса Христа с архангелами Михаилом и Гавриилом, апостолом Андреем, священномучеником Климентом и двумя коленопреклонёнными клириками (по мнению исследователей, Кирилл и Мефодий) с тонзурами на головах. Латинская надпись вокруг фигур Дж.Б. Де Росси определил как заупокойную молитву, а Маллули полагал, что роспись была выполнена в память о Кирилле и Мефодии. В полу под фреской была обнаружена гробница с останками двух человек, которую Й. Вильперт идентифицировал как место захоронения Кирилла. В 1929 г. специальная комиссия пришла к выводу, что останки в этой гробнице не принадлежат Кириллу. По мнению Дж. Озборна, фреска и захоронение под ней относятся к XI в. Согласно гипотезе Дж. Озборна, Кирилл был похоронен в правом нефе базилики, близ алтаря, под фреской «Сошествие во ад» (IX в.), в левой части которой помещено изображение восточного монаха. Отсутствие в этом месте следов захоронения Дж. Озборн объяснял тем, что останки Кирилла были помещены в саркофаг, установленный на расстоянии от стены. Эта версия получила широкое распространение; изображение монаха на фреске считают посмертным портретом Кирилла. Возражения против этой версии сформулировал Л. Бойл, указавший, что выражение «ad dexteram partem altaris» («о десноую страноу олтаря») не следует понимать буквально, а сюжет фрески «Сошествие во ад» трудно отождествить с упомянутой в Житии Кирилла «иконой» святого. Таким образом, вопрос о месте захоронения Кирилла остаётся открытым. В 1961 г., во время подготовки к торжествам в честь 1100-летия славянской миссии (1963 г.), по поручению кардинала Амлето Чиконьяни Л. Бойл установил, что во время французской оккупации Рима и существования Римской республики (1798–1799 гг.) в августе 1798 г. мраморный реликварий с мощами Кирилла перенесли в церковь Санта-Мария-ин-Валличелла (Кьеза-Нуова). Затем церковь Сан-Клементе была передана каноникам Латеранской базилики, и в июле 1799 г. хранение мощей поручили камерленго базилики Лоренцо Маттеи. Вскоре власть папы Римского над городом была восстановлена, но судьба мощей Кирилла осталась неизвестной. По мнению Л. Бойла, останки святого могли храниться во владениях знатного семейства Античи-Маттеи, к которому после смерти кардинала Луиджи Маттеи (1833 г.) перешли наследственные права и имущество рода Маттеи. В июле 1963 г. в дворцовой капелле рода Античи-Маттеи в городе Реканати Л. Бойл обнаружил реликварий, в котором, согласно надписи, находилась кость Кирилла, но основную часть мощей найти не удалось. В ноябре 1963 г., во время празднования 1100-летия славянской миссии, папа Павел VI поместил этот реликварий в церкви Сан-Клементе. В 1974 г. частица мощей Кирилла была передана Константинопольскому патриарху Димитрию I; в настоящее время она хранится в Фессалонике в храме во имя Кирилла и Мефодия (построен в 1981–1985 гг.). Просьба о даровании частицы мощей, переданная Римской курии в 2005 г. Президентом Болгарии Георгием Пырвановым от имени Синода Болгарской православной церкви, не была удовлетворена. Частицы мощей Кирилла, о происхождении которых сведений не сохранилось, были в других храмах и монастырях. С XVI в. серебряный реликварий с рукой Кирилла находился в коллегиальной церкви св. Петра в городе Брно (утерян после 1811 г.). В настоящее время частицы мощей святого хранятся в соборе св. Эммерама в городе Нитра (Словакия), в базилике Вознесения Богоматери и святых Кирилла и Мефодия в Велеграде (Чехия), в капелле Папской Словацкой коллегии святых Кирилла и Мефодия в Риме.