После пожара 1168 г. Фустат потерял своё значение в жизни Египта; большая часть жителей осталась в столице. По оценкам историков, на рубеже XII и XIII вв. площадь Эль-Кахиры с прилегающими кварталами достигла 400 га, там проживало 135–170 тыс. человек; Фустат, более плотно застроенный, занимал около 200 га, численность его населения составляла 80–90 тыс. человек. Города разделяло около полутора километров пустынного пространства. По приказу Салах ад-Дина в 1170–1180 гг. Фустат (Миср) и Эль-Кахира были обнесены общей стеной. На северо-западных отрогах холмов Эль-Мукаттам Айюбиды возвели цитадель Калъат-эль-Гебель, ставшую с начала XIII в. султанской резиденцией. Цитадель строилась не для обороны города от угрозы извне, а как убежище на случай мятежа внутри Каира. Другая айюбидская крепость была основана в 1240/1241 г. на острове Эр-Рода на Ниле (раньше там существовали оборонительные сооружения византийцев и Тулунидов, а при Фатимидах остров стал загородной правительственной резиденцией). Чтобы укрепить островную крепость, предпринимались работы по углублению обмелевшего рукава Нила между островом и Каиром. В крепости были размещены отряды мамлюков, получивших наименование «бахри» (от араб. Бахр-эн-Нил – «река Нил»). В 1250 г. бахриты свергли Айюбидов и установили контроль над Египтом. В эпоху мамлюков (1250–1517 гг.) Каир стал культурной столицей мусульманской цивилизации, одним из крупнейших городов мира. Он контролировал до трети торговых потоков земного шара. К середине XIV в. население Каира достигло 450–500 тыс. человек. Мамлюкская элита проживала в городе, а не в загородных резиденциях и вкладывала средства в строительство мечетей, дворцов, караван-сараев и мавзолеев. Хотя старейшая из мамлюкских мечетей – мечеть Бейбарса (1266–1269 гг.) – была построена к северу от городских стен, основное внимание в развитии города было уделено пространству между фатимидскими стенами Эль-Кахиры, Фустатом и цитаделью. Оно было застроено новыми кварталами, которые пересекали каналы и улицы, соединившие цитадель с воротами Баб-Зувайла и мечетью Ибн Тулуна. Купола и минареты мамлюкских мечетей до настоящего времени остаются архитектурной доминантой Каира. В 1315–1363 гг., в период наиболее интенсивного строительства, на основных улицах от Каира к цитадели на средства мамлюкских эмиров было возведено около десятка больших мечетей, крупнейшей из которых стала мечеть султана Хасана (1356–1361 гг.). Мамлюкские мечети конца XIV – XV вв., даже сооружённые по заказу султанов, были невелики из-за чрезвычайной плотности городской застройки и достаточного количества религиозных учреждений в Каире. Для архитектуры этой эпохи были характерны филигранное качество обработки камня, богатый декор, покрывавший экстерьеры и интерьеры зданий, купола, вытянутые вертикально пропорции. Часто мечеть выступала лишь одним из элементов религиозного комплекса, включавшего медресе и мавзолей её основателя – султана или эмира. Поскольку строительство пышных погребальных сооружений осуждалось мусульманскими правоведами, представители мамлюкской элиты официально именовали свои постройки медресе или ханака (суфийская обитель), но фактически усыпальница учредителя занимала в них центральное место и украшалась наиболее пышно.