В 970 гг. были обновлены коптские церкви Эль-Муаллака и св. Меркурия, основано несколько новых церквей в Эль-Кахире. Халиф аль-Азиз (975–996 гг.) был женат на православной египтянке и покровительствовал её братьям, одного из которых, Арсения, сделал митрополитом Каира и Фустата (986 г.). Пользуясь близостью ко двору, митрополит Арсений восстановил разрушенную в 961 г. церковь св. Михаила и забрал у коптов церковь Богородицы в Бабальюне, ставшую кафедральным собором православных патриархов (позднее возвращена коптам). В 1000 г. митрополит Арсений по указанию халифа был избран на Александрийский патриарший престол. Он сделал своей постоянной резиденцией в Каире монастырь Эль-Кусайр, где развернул масштабное строительство. Процветание зиммиев спровоцировало подъём антихристианских настроений и масштабные гонения на иноверцев в правление халифа аль-Хакима (996–1021 гг.). С начала XI в. против них вводились дискриминационные законы, их изгоняли с государственной службы (обычно это сопровождалось пытками и казнями отставленных чиновников-христиан), было разрушено много храмов и монастырей (хроники приводят фантастическую цифру – 30 тыс. в Египте, Палестине и Сирии). Исследователям известно о разрушении в 1004–1005 гг. двух коптских и несторианской церквей в квартале Эр-Рашид около Мисра (на их месте были выстроены мечети), о разгроме церкви в квартале Эль-Макс на берегу Нила, о принудительном выселении жителей мелькитского квартала Каира в район Эль-Хамра за городскими стенами (территория квартала была присоединена к мечети Эль-Азхар). В августе 1009 г. в Мисре были разрушены (по мнению исследователей, православная) церковь Марьям-эль-Кантара, и соседняя коптская церковь св. Космы, осквернены находившиеся при них христианские кладбища; в апреле 1010 г. мусульмане разрушили монастырь Эль-Кусайр, резиденцию патриарха Арсения, который был убит через несколько месяцев. Были захвачены почти все церкви Фустата (Мисра), в том числе Эль-Муаллака, конфисковано их имущество. Коптская церковь св. Шенуте была обращена в мечеть. Из-за репрессий многие христиане приняли ислам, причём, по свидетельству источников, это происходило преимущественно в Каире, где преследования были наиболее активными. Впоследствии аль-Хаким изменил свою политику, в 1020 г. разрешил восстановить разрушенные монастыри и вернул им собственность. После смерти халифа все ограничения, касавшиеся христиан, были отменены, церкви возвращены общинам. Коптский патриарх Христодул (1047–1077 гг.) перенёс престол из Александрии в церковь Эль-Муаллака. Хотя отдельные вспышки насилия и случаи разрушения церквей происходили и позже (1131, 1168 гг.), в целом для фатимидского Египта была характерна атмосфера веротерпимости. В 1160 гг. в Египет несколько раз вторгались крестоносцы и византийцы. В 1168 г., при подходе крестоносной армии к Каиру, правитель Фатимидского государства везир Шауар эвакуировал население Фустата, не имевшего стен, и предал город огню, чтобы он не стал базой для осаждающих. По словам хронистов, Фустат горел 44 дня. При новой династии Айюбидов (1171–1250 гг.) город был частично восстановлен, при этом зона застройки сместилась на запад, вслед за изменившимся руслом Нила, в новый порт Булак, а восточные районы оказались заброшенными.