В монастыре не было ледника, конюшни, экипажа, лошадей, мебели в кельях, посуды и т.п. (Центральный государственный архив Республики Дагестан). Для разбора монастырского архива, «в беспримерном беспорядке состоящего», комиссией был приглашён находившийся под запретом священник Василий Ладожский; завершил эту работу казначей иеромонах Осия. По итогам работы комиссии было установлено, что для поддержания Кизлярского монастыря необходимо единовременное субсидирование в 2,5 тыс. руб., при том что доход обители составлял около 500 руб. В 1852 г. межевой комиссией Кавказского линейного казачьего войска по ходатайству игумена Германа перед Духовной консисторией и кизлярскими гражданскими властями было начато межевание монастырских земель. Настоятель лично контролировал процесс, осложнявшийся тем, что река Таловка постоянно меняла русло. К февралю 1864 г. межевание завершилось. В 1858 г. епископ Кавказский Игнатий (Брянчанинов) благословил игумена Германа построить мосты через реки Таловка и Борозда с целью сбора «мостовых» сумм. В 1886 г. епископ Владикавказский Иосиф (Чепиговский) направил настоятелю Кизлярского монастыря архимандриту Алексию предписание запретить рубку леса в монастырских лесах для продажи, а в случае необходимости леса для нужд монастыря испрашивать благословение архипастыря. В 1887–1889 гг. управляющий обителью протоиерей Александр Нобилитетов сдавал в аренду виноградники, а с 1889 г. организовал монастырский винокуренный завод. В начале XX в. в собственности монастыря находилось 2676 десятин земли. В 1908 г. епископ Владикавказский и Моздокский Гедеон направил в Синод два ходатайства: от 9 февраля – об обращении Кизлярского монастыря в женский «в видах улучшения онаго в хозяйственном отношении, каковой монастырь, владеющий более 2000 десятин земли и имеющий собственное подворье в г. Петровск-Порт, Дагестанской обл., пришёл за малочисленностью братии (всего 10–12 человек) и по недостатку рабочих рук в крайний упадок» и от 14 февраля – об открытии при монастыре штатной священнической вакансии с жалованьем от казны в 600 руб. в год. Решением Синода от 8–11 марта 1908 г. Кизлярский монастырь был обращён в женский «с таким числом инокинь, какое обитель в состоянии будет содержать на свои средства, передав в собственность оного все имущества и капиталы Кизлярского мужского монастыря и предоставив Владикавказскому епархиальному начальству нынешнюю братию Кизлярского монастыря разместить по другим монастырям епархии». При монастыре открылась штатная священническая вакансия «с отнесением содержания по сей вакансии на местные средства». 12 мая 1908 г. временно заведующей Кизлярским монастырём была назначена насельница керченского Георгиевского монастыря монахиня Нина; 16 октября 1909 г. она утверждена в должности настоятельницы. Монахиня Нина «неутомимо и ревностно заботилась о благосостоянии и возрождении совсем было упавшего монастыря».