В 1903 г. игумен Геласий был награждён золотым наперсным крестом. Одним из помощников настоятеля стал священник Иван Попов, которого епископ Владикавказский и Моздокский Владимир (Синьковский) командировал в Кизляр с целью упорядочить монастырский архив и составить летопись обители. 11 февраля 1906 г. игумен Геласий был убит в собственной квартире. Погребение настоятеля 14 февраля возглавил священник Василий Мокроусов. По ходатайству епископа Владикавказского и Моздокского Гедеона (Покровского) указом Синода от 27 июня 1907 г. в должности настоятеля Кизлярского монастыря был утверждён иеромонах Иосиф. К началу XX в. в Кизлярском монастыре проживали 17 монашествующих и 11 послушников, монастырь служил местом пребывания духовных лиц, отрешённых от места и посланных сюда «до исправления и раскаяния» (Центральный государственный архив Республики Северная Осетия-Алания). На территории Кизлярского монастыря находилась деревянная церковь в честь Воздвижения Креста Господня, перенесённая в Кизляр в 1738 г. из крепости Святого Креста (Дагестан, на развилке реки Сулак и её рукава реки Аграхань), упразднённой в 1735 г. по Гянджинскому договору России с Персией. В 1759 г. монастырь посетил епископ Астраханский Мефодий, благословивший возведение каменного храма. В 1763 г. на месте разобранной деревянной Крестовоздвиженской церкви был заложен одноимённый каменный храм с двумя приделами (Казанской иконы Божьей Матери и архангела Михаила), который в 1764 г. был освящён епископом Мефодием. В 1827–1834 гг. был выстроен новый цоколь храма. В 1858 г. Крестовоздвиженский храм был разобран, и в 1862–1871 гг. при содействии епископа Игнатия возведён новый каменный собор. Деревянная монастырская церковь во имя Николая Чудотворца была выстроена (около 1735 г.) за казённый счёт. Около 1786 – 1792 гг. по благословению архиепископа Астраханско-Ставропольского Никифора (Феотоки) Никольская церковь находилась в ведении Московского мушкетёрского полка, квартировавшего в Кизляре. По мнению исследователей, сразу это поручение не было выполнено, поскольку в 1794 г. по благословению епископа Астраханского Гаия (Такаова) монастырская Никольская церковь была продана за 550 руб. и перенесена на кизлярское городское кладбище (в 2013 г. – так называемое русское кладбище). Около 1903 – 1906 гг. в монастырской ограде был выстроен деревянный тёплый храм во имя Георгия Победоносца для совершения богослужений в зимние месяцы. За алтарём Георгиевской церкви в монастырском склепе похоронены настоятели: почитаемый игумен Вениамин (ум. 21 июля 1847 г.), архимандрит Филофей (ум. 4 мая 1900 г.), игумен Геласий (ум. 11 февраля 1906 г.). На территории обители находились колокольня (около 1800 – 1808 гг.), деревянные настоятельский и братский корпуса, келейный корпус (1909 г.), амбар, ледник и другие помещения. В 1893 г. по инициативе епископа Владикавказского Владимира (Синьковского) было организовано монастырское подворье в городе Петровск-Порт (ныне Махачкала). К началу XIX в. необрабатываемая земля Кизлярского монастыря была занята смежными владельцами либо оспаривалась как городская собственность Кизляра. В 1800–1809 гг., при игумене Сергии, земли Кизлярского монастыря были огорожены, настоятель пытался вернуть в собственность обители монастырский сад. В 1801 и 1805 гг. местными светскими властями поднимался вопрос об изъятии в пользу кизлярских граждан части монастырских земель, сада и сенокосных угодий. Но Астраханская духовная консистория, ссылаясь на Высочайший указ от 18 декабря 1797 г., приказала сохранить землю во владении монастыря (Центральный государственный архив Республики Дагестан).