Основной доход Кизлярский монастырь получал от виноградников. Также монастырю принадлежали лавки, которые арендовали торговцы, и рыбные ловли, которые отдавались на откуп (взимался натурой и деньгами). Губернская канцелярия отпускала на содержание монастыря 254 руб. и 13 порций хлебного жалованья, причём «по тамошнему пограничному месту как денег, так и хлеба в остатке не бывает». В 1764 г. Синод удовлетворил ходатайство Астраханского и Ставропольского епископа Мефодия (ум. в 1776 г.) об оставлении заштатного Кизлярского монастыря на прежнем содержании. В 1777 г. настоятелем Кизлярского монастыря был назначен архимандрит Порфирий (Багратиони; ум. в 1789 г.), правнук Вахтанга IV, племянник католикоса-патриарха Восточной Грузии Антония I, сын грузинского царевича, принявшего российское подданство и проживавшего в Кизляре. В 1767 г. архимандрит Порфирий прибыл в Кизляр, «желая остаться вечно» в российском подданстве, получил благословение от Астраханского архиерея на совершение в Кизляре богослужений, не позднее 1779 г. был избран членом местного духовного правления. В 1793–1799 гг. Кизлярский монастырь подчинялся епископу новоучреждённого Моздокского викариатства Астраханской епархии Гаию (Такаову). С 1789 по 1800 гг. в Кизлярском монастыре сменилось шесть настоятелей. К концу XVIII в. епархиальное начальство стало допускать к настоятельству белое духовенство: 21 октября 1796 г. управляющим Кизлярским монастырём стал священник Иван Сидоров. 31 октября 1797 г. архиепископ Гаий (Такаов) назначил настоятелем Кизлярского монастыря иеромонаха Пантелеимона, бывшего ризничего и экзаменатора одного из астраханских монастырей. После закрытия Моздокского викариатства в 1799 г. Кизлярский монастырь перешёл в ведение Астраханского архиепископа Платона (Любарского), который отмечал, что обитель находится в упадке по нерадению прежних настоятелей и из-за недостатка средств. Помимо тяжёлых климатических условий, отсутствия православного окружения и постоянной угрозы набегов неблагоприятное положение Кизлярскго монастыря усугублялось тем, что к концу XIX в. в станицах Кизлярского отдела Терской области проживало 20 299 человек, или 60,7% от общего числа раскольников на территории Владикавказской епархии. 25 февраля 1800 г. кизлярский протоиерей Стефан Петриев сообщил в Астраханскую консисторию, что «управлять монастырём и его экономией некому». 22 марта священник Иван Сидоров был вновь назначен управляющим, 16 апреля перемещён на должность казначея Кизлярского монастыря, а настоятелем стал протоиерей С. Петриев. В 1800 г. Кизлярский уездный суд «без претензий сторонних, сам собою написал решение, что монастырь братии не имеет, а потому и упразднить его». Для исправления ситуации архиепископ Астраханский и Кавказский Платон (Любарский) 7 ноября 1800 г. перевёл из саратовского в честь Преображения Господня монастыря в Кизлярский монастырь игумена Сергия, который принял кое-какие меры для лучшей организации монастырской жизни: казначею монаху Борису предписывалось, «чтобы в церкви наблюдать благопристойность; шумства и прочие беспорядки в монастыре и келиях запрещать; без ведома настоятеля чтобы никто из монастыря не отлучался, как то изображено в прибавлении к регламенту… о караульщиках, замках у ворот и калиток, о приходо-расходных книгах иметь попечение». 20 ноября 1808 г. временно управляющим Кизлярским монастырём был вновь назначен протоиерей С. Петриев. В 1816 г. настоятелем стал соборный священник Георгий Мурадханов, кизлярский грузин, который «заботился о сбережении монастырских местностей, особенно рыболовных вод», однако «что улучшено или устроено вновь по обители, того из дел не видно и не дошло по преданиям».