В 1820 г., после смерти священника Г. Мурадханова, Кизлярское духовное правление обнаружило растрату монастырского имущества. В ноябре 1820 г. Кизлярский монастырь возглавил иеромонах Серафим, вскоре переведённый обратно в Астрахань и «оставивший церковь в развалинах, а монастырь без денег». В 1821 г. архиепископ Астраханский и Кавказский Авраам (Шумилин) назначил настоятелем иеромонаха Аарона, а в 1822 г. ходатайствовал о прекращении процесса закрытия монастыря, в котором проживали пять насельников. В 1825–1826 гг. иеромонах Аарон возглавлял Комитет кизлярского библейского сотоварищества, в начале марта 1827 г. был переведён в Астрахань на должность эконома архиерейского дома и строителя Покровского монастыря. 14 марта 1827 г. архиепископ Астраханский и Кавказский Павел (Саббатовский) утвердил настоятелем (1827–1843 гг.) игумена Вениамина. В июне настоятель прибыл в Кизляр вместе с иеромонахом Болдинского монастыря Германом, который исполнял обязанности эконома и казначея. В 1829 г., после учреждения Новочеркасской епархии (в её состав вошли Кавказская область и земли Черноморского войска), Кизлярский монастырь находился под управлением епископа Новочеркасского и Георгиевского Афанасия (Телятева). В том же году началось дело «о возобновлении монастыря», которое осложнилось разграблением обители в 1831 г. войском имама Гази-Мухаммеда; убытки составили более 19 тыс. руб. После набега монастырским сторожам были выданы ружья. В июне 1839 г. иеромонах Герман, активно проявивший себя в деле восстановления Кизлярского монастыря, был переведён на должность эконома архиерейского дома в Новочеркасске. 12 декабря 1845 г. епископ Кавказский и Черноморский Иеремия (Соловьёв) назначил настоятелем Кизлярского монастыря игумена Иеремию (одновременно с 1846 г. исполнявший обязанности эконома архиерейского дома). Около 1862–1871 гг. при Кизлярском монастыре была открыта школа (Центральный государственный архив Республики Дагестан). В августе 1888 г. управляющий монастырём протоиерей Александр Нобилитетов предложил Владикавказскому епископу Иосифу (Чепиговскому) преобразовать Кизлярский монастырь в женский, поскольку в нём «служить и хозяйствовать некому, за два года никто не явился пополнить братию… Безлюдеет и может совсем закрыться монастырь». В 1891 г. Владикавказский епископ Иоанникий (Казанский) сообщал в Синод, что из Абхазии в Кизляр прибыли три монаха, и просил сохранить мужской статус Кизлярского монастыря в силу необходимости ухода за монастырскими угодьями. В 1897 г. настоятелем обители с возведением в сан архимандрита был назначен игумен керченского Катерлезского во имя великомученика Георгия монастыря Филофей (Сташевский). С 20 марта 1899 г. архимандрит Филофей занимал должность председателя Кизлярского отделения Владикавказского епархиального училищного совета. Около 1897–1900 гг. на личные средства он построил училище в Петровском саду и дом-школу. За два дня до кончины архимандрит Филофей принял постриг в великую схиму. После сообщения о смерти настоятеля (4 мая 1900 г.) в его квартиру помимо местного духовенства и братии собралось множество горожан, «причём некоторые почитатели о. Филофея ещё с вечера и до часа смерти не отходили от него». 6 мая 1900 г. архимандрит Филофей посмертно был награждён орденом св. Анны третьей степени «за службу по епархиальному ведомству». Указом Синода от 10 ноября 1901 г. настоятелем Кизлярского монастыря с возведением в сан игумена был назначен насельник курского в честь иконы Божьей Матери «Знамение» монастыря Геласий, который способствовал улучшению монашеской жизни: «...Около него, как около центра, ютилась братия – им делал он назидания, указания; в нём всегда братия находила нравственную и материальную поддержку».