Ежегодно на Пасху всем своекоштным студентам академии выплачивалось по 100 руб. из особой суммы, пожертвованной великой княгиней Александрой Петровной. К началу 1884 г. благодаря помощи Киевского митрополита Платона (Городецкого) братство имело запасной капитал в размере 8050 руб. После того как 27 ноября 1897 г. Министерство внутренних дел издало устав Обществ вспомоществования нуждающимся учащимся, возникла необходимость переработки устава Киевского братства. В 1899 г. ректор Киевской духовной академии Чигиринский епископ Димитрий (Ковальницкий) перевёл братство под своё управление, закрепив за братством обязанность оказывать материальную помощь не только студентам, но и нуждающимся сотрудникам академии. Это было отражено в новой редакции устава братства, принятой на общем собрании 10 сентября 1899 г. и утверждённой министром внутренних дел в следующем году. В новом уставе усиливалась финансовая дисциплина: все финансовые отчёты братства должны были направляться на утверждение митрополита Киевского и Галицкого, который признавался главным попечителем организации. В ноябре 1900 г. епископ Димитрий (Ковальницкий) выделил крупнейшие в истории братства единоличные взносы – по 2 тыс. руб. на профессорский расходный капитал и на профессорский неприкосновенный капитал. После реформирования организация получила название: «Богоявленское при Киевской духовной академии братство для вспомоществования служащим и студентам» (Центральный государственный исторический архив Киева). К началу 1901 г. в братстве состоял 241 член, в том числе 163 действительных (максимальное число за всё время существования Киевского братства). В годы Первой мировой войны братство сократило выплаты пособий и стипендий, как полагают исследователи, в 1916 г. братство в последний раз выделило пособия 16 студентам. Немного уменьшилось число членов братства: в 1914 г. в братстве состояло 225 членов (в том числе 158 действительных), в 1917 г. – 219 членов (в том числе 153 действительных). В 1915 г. общий капитал братства составлял 86 920 руб., в 1917 г. – 92 530 руб. Ключевые посты в управлении братством в эти годы заняли представители духовенства, ранее делившие их с мирянами. В 1915 г. председателем ревизионной комиссии вместо профессора Киевской духовной академии Н.И. Петрова, занимавшего эту должность с 1900 г., был избран протоиерей Киево-Софийского собора Симеон Трегубов. Председателем Киевского братства в 1917 г. был епископ Василий (Богдашевский), товарищем председателя был кафедральный протоиерей Киево-Софийского собора Михаил Златоверхников. В 1920 гг. была сделана попытка возобновить деятельность организации. В июне 1920 г. в отделе управления Киевского губревкома был зарегистрирован устав «Киевского православного Богоявленского братства» (Государственный архив Киевской области). Братство под председательством епископа Василия (Богдашевского) было зарегистрировано в помещениях Киево-Братского Богоявленского монастыря. По этому же адресу 17 июля 1920 г. было зарегистрировано тесно связанное с братством Киевское православное богословское общество, главой которого также стал епископ Василий. В общество вошли десять преподавателей новообразованной Киевской православной богословской академии, ставшей преемницей упразднённой в 1919 г. Киевской духовной академии. Киевское братство прекратило существование, как полагают исследователи, в 1924 г., одновременно с прекращением деятельности Киевской богословской академии.