7 июня 1640 г. король Владислав IV Ваза в ответ на просьбу игумена Братского монастыря Игнатия (Оксеновича-Старушича), поддержанную шляхтой, предоставил монастырю и Киевскому братству две киевские церкви с их имениями: Трёхсвятительскую и Воздвиженскую. Находясь в 1649 г. в Киеве, Иерусалимский патриарх Паисий I посетил местные святыни, в частности Богоявленскую обитель, в которой особо отметил училище. Богдан Михайлович Хмельницкий и Юрий Богданович Хмельницкий подтвердили акт 1632 г. о слиянии киево-печерской и братской школ. В дальнейшем упоминания о Киевском братстве становятся редкими, его функции перешли к Братскому монастырю и коллегиуму. В пожалованиях русских царей Киевскому братству не упоминается. Киевское братство было восстановлено в 1880–1882 гг. 26 февраля 1880 г. на совещании профессуры Киевской духовной академии, созванном в честь 25-летия царствования императора Александра II, было решено восстановить «древнее Богоявленское братство с целью пособия нуждающимся студентам академии». Комиссия под руководством профессоров Ивана Игнатьевича Малышевского и Николая Ивановича Петрова разработала проект устава братства, который 10 декабря 1881 г. был утверждён министром внутренних дел. 28 сентября 1882 г. состоялось торжественное открытие братства, в котором участвовали Киевский и Галицкий митрополит Платон (Городецкий) и назначенный главой братства ректор Киевской духовной академии Уманский епископ Михаил (Лузин). В первом общем собрании Киевского братства, которое состоялось 31 октября 1882 г. под председательством епископа Михаила (Лузина), приняли участие 29 действительных членов братства. Они единогласно утвердили в должности председателя братства первого викария Киевской епархии, Чигиринского епископа Иоанна (Жданова; ум. 14 января 1883 г.). Товарищем председателя был избран благочинный церквей Киево-Подольского округа протоиерей Илия Экземплярский, членами совета стали ректор Киевской духовной семинарии архимандрит Виталий (Иосифов; с 1883 г. – епископ Чигиринский), профессор Киевской духовной академии И.И. Малышевский, почётный блюститель Киевской духовной академии по хозяйственной части Николай Григорьевич Хряков, инспектор Киевской духовной академии Аким Алексеевич Олесницкий. Секретарём братства стал секретарь совета и правления Киевской духовной академии И. Исаев, казначеем – эконом Киевской духовной академии Д.И. Роздольский. В братство вступили высшие должностные лица Киева – киевский, подольский и волынский генерал-губернатор и командующий войсками Киевского военного округа Александр Романович Дрентельн и киевский губернатор Сергей Николаевич Гудим-Левкович, которые регулярно оказывали помощь братству. К началу 1883 г. братство насчитывало десять пожизненных членов, 73 действительных и четыре члена-соискателя, сумма пожертвований составляла 6500 руб. Главной попечительницей братства стала великая княгиня Александра Петровна. С ноября 1882 г. братство регулярно выплачивало пособия нуждающимся студентам. В 1883–1884 гг. единовременное пособие получили 13 студентов (пять своекоштных и восемь казеннокоштных), регулярное пособие получали 12 своекоштных студентов.