Однако, проанализировав развитие восточнославянской певческой культуры в ХVII в., исследователи признают, что кризисные явления в русской певческой культуре той эпохи были связаны не только с принятием партесного пения, линейной нотации и других новшеств. Изменения начали происходить в самом знаменном распеве и знаменном письме ещё в первой половине ХVII в. Вследствие нарушения взаимной высотной координации крюков в системе беспометной нотации в употребление вошел ряд шайдуровых киноварных помет (по мнению нескольких учёных, западного происхождения) – по сути, аналога киевской нотации, с помощью которого точно указывалось высотное положение знамен. «То, что крюковые знамена привязывались к музыкальным звукам через киноварные пометы, превращало крюки в некие традиционно оправданные, но структурно уже не необходимые дополнительные разъяснения точно фиксированного звука». В конце 1640 – первой половины 1660 гг. была проведена реформа знаменного пения, результаты которой изложены в трактате «Извещение о согласнейших пометах» старца Александра Мезенца, который полемизировал с приверженцами «нотнаго (т.е. нотолинейного) знамени». Однако притом, что содержание трактата было пронизано пафосом защиты традиции усовершенствованного знаменного письма и пения, осмысление его теории оказалось близким к основам западноевропейского музыкознания. Так, певческий звукоряд из 12 ступеней был «поделён» на четыре трихорда-«естествогласия», в которых соединение двух соседних трихордов соответствует западному гексахорду. Было установлено и наглядно показано во многих азбуках соответствие между киноварными пометами и сольмизационными ступенями церковного звукоряда. Неточность киевской нотации в отражении знаменного ритма, по мнению исследователей, состояла в невозможности передать свободу просодического и певческого произношения посредством сетки длительностей бинарного деления. «При монодическом пении не было… метрономической точности исполнения временнóго (ритмического) значения (достоинства) звуков, указываемых безлинейным знаком». Однако тенденция к кратному соотношению длительностей крюков присутствовала уже в самом знаменном пении и подробно отражена в поздних музыкально-теоретических руководствах: «Две убо стопицы… противо крюка единаго. Два же крюка – вместо единого со оттяжкою. Два крюка же со оттяжками – противо статей или стрелы». Те же идеи были развиты в труде архимандрита Тихона Макариевского. Хотя в певческой практике установилось иное соотношение длительностей вышеуказанных однозвучных («единогласостепенных») знамен, исследователи считают важным само стремление справщиков определить и зафиксировать в азбуках принцип их временнóй кратности, выявляющий общность не только с бинарной ритмической иерархией западных мензуральных нот, но и с системой византийских невм, длительность которых регулировалась специальными значками. Таким образом, кратное соотношение единиц знаменного ритма осмыслялось второй комиссией по исправлению певческих книг (Москва, 1669–1670 гг.) в широком контексте – как полагают исследователи, по аналогии с временной организацией западноевропейской музыки.