Постановлением Совета министров СССР «Об изменении порядка открытия молитвенных зданий» от 17 февраля 1955 г. разрешалось регистрировать в упрощённом порядке фактически действовавшие религиозные общины, в распоряжении которых были молитвенные дома. Возобновившийся процесс легализации общин РПЦ, вынужденно находившихся на нелегальном положении, продолжался до 1958 г., когда по инициативе Никиты Сергеевича Хрущёва началось новое наступление на церковь и дальнейшая легализация церковного подполья стала невозможной. В 1959–1963 гг. властями была развёрнута очередная кампания по закрытию церквей. Были лишены регистрации больше 5 тыс. православных храмов, выведены за штат около 4 тыс. священнослужителей. Параллельно шла кампания по закрытию монастырей. К 1965 г. был закрыт 41 монастырь, свои обители были вынуждены покинуть более 3 тыс. иноков и инокинь. С новой силой развернулись репрессии против лидеров подпольных церковных групп. Несколько тыс. членов общин ИПХ были высланы согласно законодательству о борьбе с тунеядством. 28 ноября 1958 г. ЦК КПСС принял постановление «О мерах по прекращению паломничества к так называемым “святым местам”». От региональных властей требовали не допускать паломничества к неофициальным святыням. Св. источники засыпали, бетонировали, огораживали, выставляли вокруг них милицейские кордоны. Против организаторов и участников паломничеств применялись административные и судебные меры. После отставки Н.С. Хрущёва в 1964 г. репрессивные акции против церкви и верующих в своих наиболее крайних формах были прекращены, но общая политика властей на сужение сферы церковной жизни осталась неизменной. Последствия «хрущёвских гонений» для отдельных сфер нелегальной церковной жизни в СССР имели различный характер и по-разному оцениваются исследователями. Так, например, дискуссионным остаётся вопрос – сопровождалось ли массовое закрытие храмов в эти годы активизацией церковного подполья? Судя по имеющимся в настоящее время данным, хотя в некоторых регионах (например, в Горьковской области) в этот период наблюдалось увеличение числа незарегистрированных общин, в целом по стране взрывного роста катакомбного движения, как это было в 1930 гг., не произошло. Исследователи объясняют это тем обстоятельством, что в результате ряда социальных процессов в пору своего окончательного распада вступает сельская община, которая вплоть до этого периода оставалась главной социальной базой церковной жизни на приходском уровне, обеспечивая жизнеспособность незарегистрированных приходов. В целом в 1950–1980 гг. нелегальная церковная жизнь сохранялась практически во всех своих формах. Однако заметно уменьшился масштаб, и сузился круг участников нелегальной церковной деятельности. Если до Великой Отечественной войны подполье оставалось главным способом сохранения церковной жизни, то теперь её центр окончательно переместился из нелегальной в легальную сферу. В начале 1960 гг. катакомбное движение всё же оставалось достаточно многочисленным. По официальным данным, в 1961–1962 гг. в стране насчитывалось свыше 700 не имевших регистрации православных общин (около 7% приходов РПЦ). Часть оставшихся без мест после закрытия церквей священников продолжала нелегально проводить богослужения, исполнять требы. Насельники закрытых обителей пополнили ряды нелегального монашества.