По мнению исследователей, оба сочинения восходят к единому прототипу. В любом случае «Дидахе» исследователи считают во многом более архаичным памятником, чем «Каноны святых апостолов». А. Хильгенфельд предположил, что «Каноны святых апостолов» являются тем самым сочинением, которое Иероним Стридонский упоминает среди апокрифических книг, приписываемых апостолу Петру, и называет «Книга Суда» («Liber Judicii»), а Руфин Аквилейский – «Два пути, или Суд согласно Петру» («Duae viae, vel Judicium secundum Petri»). Однако эта гипотеза была выдвинута до открытия «Дидахе» и детального изучения литературы «двух путей». В начале XX в., после того как были изданы основные версии «Канонов святых апостолов», стало очевидно, что в ряде сборников это сочинение стабильно помещалось рядом с ограниченным числом текстов, в частности, с «Египетским церковным чином» («Апостольским преданием») и Эпитомой восьмой книги «Апостольских постановлений». Анализируя Веронский палимпсест и Синодос, ряд учёных пришли к выводу, что в их основе лежит общий греческий прототип, в котором «Каноны святых апостолов» находились между «Дидаскалией апостолов» и «Апостольским преданием» или перед «Апостольским преданием» и Эпитомой восьмой книги «Апостольских постановлений». По мнению Ж.М. Ханссенса, такой сборник был составлен в IV в., до появления «Апостольских постановлений», которые датируются приблизительно 380 г. Т. Шерманн, а вслед за ним и Ф. Февр считали, что уже во II в. произошло объединение «Канонов святых апостолов» и «Апостольского предания», которые составили первую и вторую книги этого сборника. Исследователи полагают, что это было связано с тем, что в «Канонах святых апостолов» нет литургической части (хотя она заявлена в главе 25), а в «Апостольском предании» нет учения о «двух путях». Тем самым произошло воспроизведение той модели, которая представлена в «Дидахе», а могло быть и замещение «Дидахе», которое уже не соответствовало новым реалиям церковной жизни. Поскольку существование и состав «Апостольского предания» остаются дискуссионными темами, в научной литературе известны и несколько других реконструкций истории литургико-канонических памятников (например, Ж. Мань доказывал, что «Канонам святых апостолов» были объединены с текстом, который он назвал «Диатаксисом святых апостолов»). Текст «Канонов святых апостолов» построен как беседа апостолов после Вознесения Иисуса Христа. Каждый из них формулирует то или иное постановление, которое вводится фразой «Иоанн сказал», «Пётр сказал» и т.п. Начиная с издания П. де Лагарда, «Каноны святых апостолов» принято делить на 30 глав. Композиционно текст распадается на четыре части: 1) вступление (главы 1–3); 2) этический раздел, учение о «двух путях» (главы 4–14); 3) дисциплинарную часть (главы 15–28), касающуюся избрания, хиротонии и обязанностей епископов (глава 16), пресвитеров (главы 17–18), чтецов (глава 19), диаконов (главы 20–22), а также служения вдов (глава 21), мирян мужчин (глава 23) и женщин (главы 24–29); 4) заключение с финальным «Аминь» (главы 29–30). Первая фраза памятника – «Радуйтесь, сыны и дочери, во имя Господа Иисуса Христа», с одной стороны, может являться аллюзией на «Послание Варнавы», с другой – указывать на сирийскую традицию, в которой, по крайней мере, с IV в. существовали группы аскетов, именовавшиеся «сыны/дочери завета». По мнению большинства исследователей, вступление в целом следует считать редакторским элементом памятника.