Аббатисы монастырей назначались магистром Ордена, он же давал разрешение принимать новых монахинь в общину. Высшей властью в Калатраве обладал магистр Ордена, избираемый пожизненно из числа рыцарей. Он имел право распоряжаться энкомьендами, созывал генеральный капитул, обладал правом суда над всеми членами Ордена и его вассалами, представлял Орден на общих капитулах цистерцианцев. Духовным главой Ордена и представителем аббата цистерцианского монастыря Моримон являлся приор (назначался аббатом). В 1630 г. право назначать приора было передано магистру Ордена, испанскому королю, с единственным ограничением – приор должен был выбираться из монахов-цистерцианцев. Должность главного командора Калатравы (впервые упоминается в 1174 г.) была второй по значению после магистра. Основной функцией командора являлось управление главной резиденцией Ордена и принадлежавшей ей энкомьендой. В отсутствие магистра главный командор являлся его заместителем и местоблюстителем. Главные командоры должны были созывать капитул после смерти магистра для избрания нового (процедура и сроки созыва этих капитулов были окончательно установлены в «Определениях» 1452 и 1468 гг.). Командоры отвечали за организацию орденского войска и командовали отрядами рыцарей во время военных походов на мусульманские земли. Как и магистр, командоры избирались из рыцарей во время капитула. С XIII в. в Калатраве действовали два главных командора – Кастилии (резиденция в Новой Калатраве) и Арагона (резиденция в Алканьисе). Ключарь (clavero) отвечал за снабжение провиантом всех жителей орденской резиденции, а также за обеспечение церкви всем необходимым для литургии (воском для свечей, маслом для ламп и др.). Он хранил ключи от главного монастыря и крепости, а также от архива и сокровищницы, выплачивал жалованье наёмным должностным лицам. С XIII в. исследователям известна должность ризничего (sacristán), назначаемого магистром. Ризничими становились клирики, члены Ордена. В обязанности ризничего входило хранение церковных облачений, утвари, богослужебных книг и библиотеки монастыря, а также реликвий, принадлежавших Ордену. За строительство и ремонт зданий и крепости в резиденции Ордена отвечал староста (obrero). О созыве генеральных капитулов в XII в. сохранились лишь косвенные отрывочные сведения.