В статье «В защиту творений Кирилла, епископа Туровского» он опровергал мнение Михаила Трофимовича Каченовского, что Поучительные слова Кирилла Туровского заимствованы из сочинений Иоанна Златоуста. К.Ф. Калайдович сыграл выдающуюся роль в становлении отечественного славяноведения. В статье «О времени перевода нашей Библии» он пришёл к выводу, что перевод Библии принадлежит равноапостольному Мефодию, отчасти равноапостольному Кириллу (Константину) и относится к концу IX в. Здесь же было опубликовано «Прибавление» к статье, в котором К.Ф. Калайдович перечислил известные ему рукописи библейских книг. Самым значительным трудом К.Ф. Калайдовича исследователи считают сочинение, посвящённое св. Иоанну Экзарху, болгарскому книжнику IX–X вв. (М., 1824), сочинения которого он обнаружил в 1813 г. в Московской Синодальной библиотеке. Первые две главы представляют собой исследование о формировании и основных этапах развития славянских языков (сербского, болгарского и русского) и об их связях со старославянским языком. Собрав все известные факты, относящиеся к возникновению славянской письменности, К.Ф. Калайдович на их основе показал процесс перемещения центра славянской культуры из Моравии в Болгарию, где преемником равноапостольного Мефодия стал Иоанн Экзарх. Деятельность болгарского книжника рассмотрена в последующих трёх главах. В приложении к исследованию опубликованы древнейшие письменные памятники славянской литературы, сохранившиеся в древнерусской книжной традиции. Среди 15 впервые опубликованных памятников – извлечения из переведённого Иоанном Экзархом «Богословия» («Точного изложения православной веры») св. Иоанна Дамаскина по списку XII в., переведённая болгарским книжником «Грамматика» Иоанна Дамаскина, произведения самого Иоанна Экзарха: извлечения из «Шестоднева» по списку 1263 г. из Синодальной библиотеки, грамматический трактат «О осми частях слова» (авторство которого приписывалось в то время Иоанну Дамаскину, а перевод – Иоанну Экзарху), Слово на Вознесение Господне по списку 1535 г. и др. Следуя своему принципу, К.Ф. Калайдович по-разному издавал источники разного времени. Тексты в списках по XV в. включительно он опубликовал с сохранением не только правописания, но и титл, надстрочных и других знаков, а также букв, вышедших из употребления; к основному списку приведены разночтения («разноречия») по другим спискам. Списки после XV в. публиковались упрощённо.