Вести об усилении Дунайского имперского флота заставили кутригуров согласиться на мир в обмен на откуп и безопасный проезд за Дунай. Но Юстиниан тем временем склонил на свою сторону другое булгарское племя (утигуров) и столкнул их с кутригурами. Кутригуры после, в 562 г., совершили ещё один набег на Фракию, но скоро были разбиты аварами, которых Юстиниан также привлёк на свою сторону и позволил селиться в опустевшем Подунавье. В Константинополе, начиная с 560 г., снова начались уличные беспорядки из-за военной обстановки, обнищания, а также нехватки хлеба и воды. В конце 562 г. заговорщикам под началом менялы Маркелла почти удалось убить императора, что отражало недовольство деловых кругов империи. Действительно, к последним годам правления, всегда жёсткая экономическая политика императора стала ещё обременительней для населения. Для пополнения казны изыскивались самые разнообразные способы: торговля должностями, порча монеты путём обрезания её по краям, насильственные займы и конфискация средств у богатых, принуждение крестьян к уплате налогов за выделенные им пустующие земли (так называемые «эпибола»). Эти средства не оседали в казне, и наследник нашёл её пустой. В последние годы жизни старец-император уже мало заботился о внешних делах, проводил время во дворце в спорах с иерархами и монахами. Он весь погружался в ожидание вечной жизни и усиленно искал окончательного разрешения христологического спора. В те годы стала укрепляться ересь автортодокетов (отрасль монофизитства, учившая, что плоть Христова прежде Крестной смерти и Воскресения была нетленной и не испытывала страданий). Император оказался склонен к ней и в 565 г. с бесчестием изгнал с Константинопольского престола святителя Евтихия, который отверг новое учение. Летом 565 г. император разослал для обсуждения по епархиям догмат о нетленности тела Христова и готовился низвергнуть с патриаршего престола Антиохийского святителя Анастасия Синаита (559–570, 593–598 гг.), также настоявшего на халкидонском учении. Однако в это время император внезапно тяжело заболел и перед смертью, говорят, принёс покаяние. Ему наследовал сын сестры, Юстин II Младший (565–578 гг.). Тело императора было погребено в крестообразном мавзолее, пристроенном к храму Святых Апостолов. Наследникам Юстиниан оставил империю, внешне почти возвратившую своё былое величие (его держава пролегла от Кавказа до Гибралтара), из Восточной Римской империи она снова сделалась империей всего Средиземноморья. Однако это внешнее достижение было непрочным – истощённое население и ресурсы; необходимость для правителя сочетать тонкую дипломатию, уступчивость и решительность; племенная, социальная и вероисповедная разобщённость обусловили быстрое схлопывание империи уже при Юстине II. В этом смысле достижение Юстиниана было «лебединой песней» Римской империи. Среди прочих уроков, которые можно историкам извлечь из эпохи императора Юстиниана, следует назвать тот, что поликонфессиональность хотя и является тяжёлой для управления страной и государством, поскольку создаёт множество проблем, но не столь губительна, как стремление к унификации.