Церковная жизнь в городе расстроилась, кафедральный капитул был распущен в соответствии с постановлением парламента, ряд священнослужителей смещены с занимаемых постов, создана пресвитерианская система организации церковного управления. В 1651–1669 гг. в Йорке неоднократно выступал с проповедями основатель квакерства Джордж Фокс, в городе сложилась община квакеров. В 1796 г. квакер Уильям Тьюк основал в Йорке первый в Англии приют для душевнобольных, в котором использовался принцип нестеснения пациентов. После реставрации на английском престоле династии Стюартов англиканские церковные структуры в Йорке были восстановлены (1661–1662 гг.), приняты меры по реализации в приходской жизни «Акта о единообразии» (1662 г.). В XVIII в. среди англиканского духовенства преобладали латитудинарии (сторонники единства Англиканской церкви). Вместе с тем во второй половине XVII в. и в XVIII в. продолжал действовать ряд общин протестантов-нонконформистов. Со второй половины XVIII в. широкое развитие получил методизм. Йорк неоднократно посещали Джон и Чарльз Уэсли, в 1759 г. в городе была открыта первая методистская моленная, в 1791 г. – первая воскресная школа. В XVII–XVIII вв. экономическое значение Йорка уменьшалось в связи с упадком торговли и ткачества, а также из-за конкуренции соседних Лидса и Халла (ныне Кингстон-апон-Халл), однако город оставался центром культурной и интеллектуальной жизни в Северной Англии. С 1719 г. в Йорке выпускалась газета «York Mercury», в 1744 г. открылся театр, в 1774 г. появилась библиотека, в 1829 г. был образован музей. Подъём экономики наметился после открытия железнодорожного сообщения с Лондоном (1839 г.), получили развитие машиностроение (в особенности вагоностроение) и пищевая промышленность (производство шоколада и др.). В 1889 г. Йорк получил статус города-графства. Во время Второй мировой войны Йорк сильно пострадал от германских бомбардировок (особенно в 1942 г.). Со второй половины XX в. активно развивался туризм, исторический центр города объявлен охраняемой зоной (1968 г.). В 1963 г. был основан Йоркский университет. В 1974 г. в рамках административной реформы Йорк был включён в состав графства Норт-Йоркшир, с 1996 г. имеет статус унитарного образования. В XIX – первой половине XX вв. в составе англиканской церковной провинции Йорк было образовано несколько новых диоцезов: Рипон (1836 г.; с 1999 г. – Рипон и Лидс), Манчестер (1847 г.), Ливерпуль (1880 г.), Ньюкасл-апон-Тайн (1882 г.), Уэйкфилд (1888 г.), Шеффилд (1914 г.), Брадфорд (1919 г.), Блэкберн (1926 г.). В 1927 г. в состав провинции включён диоцез Саутуэлл (с 2005 г. – Саутуэлл и Ноттингем). Среди англиканских архиепископов Йорка были представитель экуменического движения К. Лэнг (1908–1928 гг.), богословы Уильям Темпл (1929–1942 гг.; с 1942 г. – архиепископ Кентерберийский), Артур Майкл Рамсей (1956–1961 гг.; архиепископ Кентерберийский с 1961 г.). С 2005 г. англиканскую кафедру Йорка занимает уроженец Уганды Джон Сентаму (род. в 1949 г.). В 1993 г. в Йорке основан православный приход св. равноапостольных Константина и Елены в юрисдикции архиепископства Фиатиры и Великобритании Константинопольского патриархата.