Из-за конфликтов с королём Эдуардом I (1272–1307 гг.) и Даремским епископом Энтони Беком (1283–1311 гг.) он некоторое время провёл в заключении (1293 г.). В конце XIII – первой половине XIV вв. в ходе англо-шотландских войн Йорк неоднократно становился временной столицей Англии (1298–1304, 1319–1320, 1322–1323 гг., октябрь-декабрь 1327 г., 1333–1338 гг.), местом заседаний парламента. Йоркский архиепископ Джон из Торсби (1352–1373 гг.; с 1361 г. – кардинал) провёл масштабные реформы по упорядочению управления архиепископством и упрочению церковной дисциплины после эпидемии чумы (1348–1349 гг.). Архиепископ составил на латыни краткий катехизис, в 1357 г. переведённый на английский язык и получивший широкую известность в Англии, а также способствовал распространению театрализованных постановок на религиозные сюжеты. В 1354 г. папа Римский Иннокентий VI в споре между кафедрами Кентербери и Йорка отдал первенство и титул «примаса всей Англии» архиепископу Кентерберийскому, архиепископ Йоркский сохранил титул «примаса Англии». В 1359 г. епископство Уитхорн решением папы Римского было изъято из церковной провинции Йорка. Вскоре после смерти архиепископа Джона из Торсби доминиканец Томас Стеббс написал «Хронику архиепископов Йорка» за 1147–1373 гг., продолжение анонимного сочинения середины XII в. В середине XIV в. был составлен и самый ранний из сохранившихся йоркских кафедральных регистров – «Magnum Registrum Album». Во второй половине XIV в. Йорк стал крупным центром ткацкого ремесла. В 1396 г. грамотой короля Ричарда II (1377–1399 гг.) город был выделен из Йоркшира и получил статус отдельного графства. Йоркский архиепископ Ричард Скроп (1398–1405 гг.) поддержал восстание северных баронов против короля Генриха IV (1399–1413 гг.), после поражения баронов архиепископ был казнён по обвинению в измене. В XIV–XV вв. многие архиепископы Йорка параллельно занимали высокие государственные посты, при этом они уделяли мало внимания управлению диоцезом. Во время войны Алой и Белой розы (1455–1485 гг.) Йорк не пострадал от боевых действий, хотя в окрестностях города произошло несколько крупных сражений. В 1464 г. король Эдуард IV (1461–1470, 1471–1483 гг.) даровал горожанам самоуправление. В 1458 г. в состав архиепископства Йорк был возвращён диоцез Содора и острова Мэн. В 1472 г., после завершения строительства, был освящён кафедральный собор. Последним архиепископом Йорка до начала Реформации был кардинал Томас Уолси (1514–1530 гг.), один из ближайших советников короля Генриха VIII. После того как архиепископ не сумел добиться в Римской курии разрешения на развод короля с первой женой Екатериной Арагонской, он попал в опалу. Во время секуляризации монастырей (1536–1540 гг.) были ликвидированы практически все монашеские общины Северной Англии, в том числе и в Йорка (здания аббатства Девы Марии в 1539 г. переданы Северному совету – органу административного управления Северной Англией).