В июне 1170 г. он короновал принца Генриха, старшего сына короля Генриха II (1154–1189 гг.), тем самым нарушив традиционные права Кентерберийского архиепископа; занимавший в это время Кентерберийскую кафедру Фома Бекет находился в изгнании из-за конфликта с королём. Фома Бекет отлучил от церкви Роджера и других епископов, участвовавших в коронации, что ещё больше обострило отношения Фомы Бекета с королём; после возвращения в Англию Фома Бекет был убит (декабрь 1170 г.). Лишь в декабре 1171 г. Роджер сумел добиться оправдания папой Александром III и вернуться на кафедру. После смерти Роджера кафедра Йорка несколько лет оставалась вакантной до избрания архиепископа Гальфрида Плантагенета (1189–1212 гг.), побочного сына короля Генриха II. Гальфрид никогда не готовился к церковной карьере и неохотно воспринял своё назначение. Он почти постоянно конфликтовал с королями Ричардом I Львиное Сердце (1189–1199 гг.) и Иоанном Безземельным (1199–1216 гг.) и членами йоркского капитула. В 1191/1192 г. папа Целестин III буллой «Cum universi» подчинил шотландские диоцезы (кроме Уитхорна) непосредственно Папскому престолу, что положило конец претензиям архиепископов Йорка на управление ими. В XII в. Йорк стал одним из крупнейших торгово-ремесленных центров в Англии, поддерживал торговые связи с континентальной Европой. В правление короля Генриха I Йорк получил грамоту о привилегиях, впоследствии её подтверждали Генрих II, Ричард I и Иоанн Безземельный, который неоднократно посещал Йорк из-за конфликтов с баронами в 1212–1216 гг. Город также являлся важным транзитным пунктом между Англией и Шотландией. В 1169 г. в Йорке шотландский король Вильгельм Лев (1165–1214 гг.) принёс оммаж королю Генриху II. В 1190 г. в Йорке произошёл один из крупнейших в средневековой Англии еврейских погромов. Однако вскоре еврейская община была восстановлена и существовала в Йорке до изгнания евреев из Англии (1290 г.). Большое значение для кафедры Йорка имела деятельность архиепископа Уолтера де Грея (1214–1255 гг.), бывшего канцлера короля Иоанна Безземельного. Он утвердил новые статуты капитула (1221 г.), в 1241–1255 гг. провёл несколько провинциальных Соборов, направленных на реализацию постановлений четвёртого Латеранского собора (1215 г.) и Лондонского собора (1237 г.): о введении целибата, борьбе с симонией, об упорядочении практики назначения приходских викариев, о регулировании деятельности Орденов и монастырей и т.д. Архиепископ начал перестройку кафедрального собора в Йорке в готическом стиле (к 1250 гг. были завершены трансепт и центральная башня; строительство продолжалось до XV в.). В 1236 г. в Йорке был основан доминиканский монастырь. В 1265 г. архиепископом Йорка был избран богослов католический святой Бонавентура, однако он отказался от кафедры и не был рукоположён. Архиепископ Джон ле Ромейн (1286–1296 гг.) продолжил строительные работы в соборе и зданиях капитула, а также расширил кафедральную школу.