В свою очередь, Томас I потребовал признания церковной юрисдикции Йорка над Шотландией, островом Мэн, Оркнейскими и Гебридскими островами, однако не смог реализовать свои притязания. Единственным епископством-суффраганом Йорка оставался Дарем. К последней трети XI в. исследователи относят возрождение монашеской жизни в Йоркшире: были основаны и восстановлены бенедиктинские аббатства в Селби (1069/1070 г.), Девы Марии в Йорке (1088 г.), Уитби (около 1078 г.; с 1109 г. – аббатство), бенедиктинский приорат Святой Троицы в Йорке (1089 г., дочерняя обитель французского аббатства Мармутье), клюнийский монастырь в Понтефракте (между 1090 и 1099 гг.). В это же время в Йорке на основе литургической практики кафедрального собора в Руане и других церквей Северной Франции сложился так называемый йоркский обряд, содержавший ряд незначительных отличий от южноанглийского сарумского обряда и распространённый в Северной Англии до эпохи Реформации. Спор о первенстве между кафедрами Йорка и Кентербери вновь возник в мае 1108 г., когда новоизбранный архиепископ Томас II (1108–1114 гг.), племянник Томаса I, отказался дать письменную присягу архиепископу Ансельму Кентерберийскому и признать его первенство. Ансельм, в свою очередь, отказался рукоположить Томаса II без выполнения этих условий. Конфликт удалось урегулировать лишь летом 1109 г., после вмешательства короля Генриха I (1100–1135 гг.). Томас II подписал присягу верности не названному по имени архиепископу Кентерберийскому (архиепископ Ансельм к тому моменту умер, а его преемник ещё не был избран) и был рукоположён шестью епископами. В августе 1109 г. архиепископ Томас II был вынужден рукоположить без принятия присяги Тургота, епископа Сент-Андруса (Шотландия), однако в дальнейшем он смог добиться присяги от епископов Глазго, Оркнейских и Гебридских островов (по мнению исследователей, некоторые из них были титулярными епископами). Наиболее острый характер спор о первенстве между Кентербери и Йорком принял при преемнике Томаса II, архиепископе Турстане (избран в 1114 г.), который отказался приносить присягу архиепископу Кентерберийскому и в 1119 г. добился, чтобы дело было рассмотрено папой Римским Каллистом II. Папа принял сторону Йоркского архиепископа и лично рукоположил Турстана. Это вызвало недовольство короля Англии Генриха I, который лишь в 1121 г. позволил Турстану вернуться в Англию и занять кафедру. В 1123 и 1125 гг. для решения спора Турстан обращался в Римскую курию и сумел в итоге отстоять равенство кафедр Йорка и Кентербери (сохранялось до XIV в.). Борьба за независимость от Кентербери способствовала развитию самостоятельной историографической традиции в Йорке: около 1130 г. архикантор кафедрального собора Гуго написал «Историю церкви Йорка», охватывавшую период с 1070 по 1127 г. Несмотря на поддержку Римского папы, Турстан не смог распространить свою юрисдикцию над шотландскими диоцезами (за исключением диоцеза Галловей с кафедрой в Уитхорне, восстановленного около 1128 г.), однако в 1133 г. на отвоёванной у Шотландии территории был создан диоцез с кафедрой в Карлайле, ставший частью церковной провинции Йорка.