Ответ Йонаса Юстуса Георг Витцель предложил в трактате «О христианской Церкви против Йодокуса Коха» («Von der christlichen Kirchen wider Jodocum Koch», 1534 г.); большую часть его объёма занимают не богословские рассуждения, а попытки Георга Витцеля оправдаться от обвинений личного характера. Последующая полемика между Йонасом Юстусом и Георгом Витцелем окончательно лишилась богословского содержания и превратилась в обмен личными оскорблениями. В середине 1534 г. лютеранский пастор Антоний Корвин под псевдонимом Сильван Гесс опубликовал вымышленный драматический диалог между Витцелем и Кохлеусом («Ludus Sylvani Hessi in defectionem Georgii Vvicelii ad Papistas»), в котором высмеивалось возвращение Георга Витцеля в католицизм; Йонас Юстус написал к нему предисловие, в котором называл главными побудительными мотивами «предательства» Георга Витцеля жажду наживы (Йонас Юстус был уверен, что католики заплатили Георгу Витцелю за его измену протестантизму), злобность и зависть. Осенью 1534 г. в руки Йонаса Юстуса попало письмо Кохлеуса Георгу Витцелю; он опубликовал его с собственным предисловием и насмешливыми схолиями. Георг Витцель откликнулся на эту публикацию сочинением «О похищении личного письма», в котором упрекал лютеран в том, что они обманом заполучили его письмо. После публикации письма Георга Витцеля письменная полемика между ним и Йонасом Юстусом прекратилась, однако Йонас Юстус продолжал считать его опасным противником лютеранства; так, в 1539 г. он советовал курфюрсту Иоганну Фридриху конфисковать и уничтожить все книги Георга Витцеля, которые только удастся найти. В начале 1950 гг. Йонас Юстус поддержал Филиппа Меланхтона в его полемике с Андреасом Озиандером по вопросу о спасении и об оправдании. Согласно учению Андреаса Озиандера, человек оправдывается особой «внутренней праведностью», являющейся следствием духовного «вселения» Христа в человеческое сердце, в результате которого человек становится «единосущным» Божественной природе Христа. Оценивая учение Андреаса Озиандера, изложенное им в трактате «О единственном Посреднике Иисусе Христе и об оправдании верой» («Von dem einigen Mitler Jhesu Christo und Rechtfertigung des Glaubens», 1551 г.; известен исследователям также по подзаголовку «Исповедание»), Йонас Юстус отмечал, что Андреас Озиандер ложно утверждает, будто он придерживается точно таких же взглядов, какие развивал в проповедях Мартин Лютер. Йонас Юстус специально упоминает, что он 25 лет находился рядом с Мартином Лютером, но никогда не слышал от него такого учения, какое приписывает ему Андреас Озиандер. Согласно Йонасу Юстусу, учение Мартина Лютера является простым и всецело основанным на Священном Писании, в то время как Андреас Озиандер предлагает непонятные простым верующим рассуждения, которые не могут поселить в их душах мир и надежду на Христа, но лишь вводят людей в смущение. Йонас Юстус упрекал Андреаса Озиандера в неверном толковании Евангелия от Иоанна (см.: Ин. 7:21–23, 26), цитатами из которого Андреас Озиандер пытался обосновать своё учение, и утверждал, что, согласно общепринятому христианскому учению, Христос вселяется в человека не лично и не «сущностно» («wesentlich»), т.е. не Своей природой, но действием благодати Святого Духа, которая поддерживает, просвещает и освящает верующих.