Не принимая тезиса, в защиту которого выступали, например, анабаптисты и другие приверженцы спиритуалистических идей, в соответствии с которым теоретическое богословское знание является ненужным и излишним для христианина, Йонас Юстус считал, что церковная община должна заботиться о том, чтобы те её члены, которые способны учиться сами и учить других, совершенствовали данный им от Бога талант к наукам. Согласно Йонасу Юстусу, если в католической церкви степень доктора теологии была лишь свидетельством наличия у человека определённого запаса знаний, то в реформированной церкви она призвана стать «публичным свидетельством учения и благочестия», т.е. своего рода «печатью одобрения», которой христианская община выделяет людей, проводящих благочестивую жизнь и способных правильно толковать Священное Писание. Существование в церкви образованных и сведущих теологов является, согласно Йонасу Юстусу, её надёжной защитой от ересей и лжеучений. Основные богословские идеи Йонаса Юстуса были ёмко сформулированы им в небольшом немецком трактате «Краткое христианское наставление относительно отпущения грехов и спасения» («Christlicher und kurtzer Unterricht von Vergebung der Sünde und Seligkeit», 1542 г.), который в соответствии с подзаголовком был создан с целью показать «различие между чистым христианским учением Евангелия и безбожным папистским учением». Трактат, по содержанию являющийся кратким протестантским катехизисом, который Йонас Юстус написал для протестантской общины города Галле, состоит из нескольких глав, каждая из которых открывается катехизическим вопросом. Сочинение Йонаса Юстуса, написанное ясным и доступным языком, оказалось весьма популярным у жителей Галле; в 1544 г. Йонас Юстус выпустил второе, дополненное издание, открывающееся небольшим предисловием. В нём Йонас Юстус ярко описывает повседневные заботы людей, не желающих задумываться о своей смертности, призывая их вспомнить о том, что они созданы Богом для вечной жизни и нуждаются в спасении. Изложение протестантского вероучения в катехизисе Йонас Юстус строит вокруг темы спасения. Трактат начинается с ответа на вопрос, от чего зависит спасение: по убеждению Йонаса Юстуса, спасение зависит «от одной только благодати Божией». Далее следует изложение истории спасения, которую Йонас Юстус рассматривает как состоящую из «двух речей» (zwo Predigt): после грехопадения Адама Бог возвещает Свой гнев, обращённый на преступающего Его закон человека, и одновременно обещает человеку спасение посредством искупительной жертвы Посредника – Иисуса Христа. Таким образом, Бог постоянно открывает человеку глубину его греха, но вместе с тем внушает ему уверенность в спасении, которое человек находит в Иисусе Христе. Согласно Йонасу Юстусу, поскольку католическая церковь учит о необходимости для спасения добрых дел, она не может дать человеку уверенность в спасении; напротив, протестантская вера в спасение только одной верой в Христа уничтожает в душе любые сомнения. Хотя добрыми делами нельзя заслужить отпущение грехов или спасение, христианин призван совершать их из покорности Богу и в знак своей любви к Его заповедям, черпая силу для этого в подаваемой через Иисуса Христа благодати.