Небольшое немецкое сочинение Йонаса Юстуса «О седьмой главе Книги пророка Даниила» («Das siebend Capitel Danielis», 1530 г.), формально относящееся к экзегетическому жанру, в действительности посвящено задаче библейского обоснования справедливости и необходимости вести войну с турками. Этот трактат Йонаса Юстуса входил в серию из нескольких трактатов виттенбергских теологов, написанных с целью поддержать покровительствовавших протестантам Иоганна, курфюрста Саксонского, и Филиппа, ландграфа Гессенского, в их переговорах с императором Карлом V, который хотел заручиться их поддержкой на случай возможной войны с турками. По содержанию сочинение Йонаса Юстуса во многом повторяет вышедший в 1529 г. трактат Мартина Лютера «О войне с турками» («Vom Kriege widder den Türken»). Йонас Юстус символически отождествлял турок с «небольшим рогом» четвёртого зверя (см.: Дан. 7:7–11) и призывал христианских правителей без смущения вступать в борьбу с «врагами Божьими», которых сатана побуждает вредить христианам. При этом саму угрозу войны с турками Йонас Юстус рассматривал как проявление гнева Божия по отношению к ведущим беспечную жизнь христианам и как Божий призыв обратиться к Христу, поскольку Он является для христиан единственным источником надежды. Наиболее ранним полемическим трактатом Йонаса Юстуса исследователи считают  сочинение «О священническом супружестве» («Adversus Iohannem Fabrum... pro coniugio sacerdotali», 1523 г.), написанное по просьбе Мартина Лютера и обращённое против Иоганна Фабера (1478–1540 гг.), издавшего антилютеранский трактат, который впоследствии получил известность под названием «Молот против лютеранской ереси» («Malleus in haeresim Lutheranam»). Мартин Лютер считал, что Йонас Юстус, недавно женившийся, способен дать достойный ответ на упрёки Иоганна Фабера, обвинявшего среди прочего лютеран в самовольном упразднении древней церковной традиции священнического безбрачия. В трактате Йонас Юстус приводит ряд библейских аргументов, обосновывающих богоустановленность брака, и делает особый акцент на необходимости для священника как для слабого человека иметь рядом с собой спутницу и помощницу, которая способствовала бы успеху его пасторско-проповеднических трудов. Впоследствии Йонас Юстус ещё несколько раз затрагивал тему священнического брака в предисловиях и письмах друзьям. В первой половине 1530 гг. Йонас Юстус вступил в продолжительную полемику с Георгом Витцелем (1501–1573 гг.), который в 1524 г. перешёл в протестантизм, был лично знаком с Мартином Лютером и с Йонасом Юстусум, поэтому его возвращение в католическую церковь, которое произошло в начале 1530 гг., воспринималось ими как непростительное предательство и вероломство. В опубликованной спустя несколько лет после завершения полемики с Георгом Витцелем «Проповеди об истории Иуды Искариота» («Ein Sermon von der Historien Judae Ischarioth», 1543 г.) Йонас Юстус сравнивал его поступок с предательством Иуды и называл «искариотским преступлением и отпадением». Полемика между Йонасом Юстусом и Георгом Витцелем была крайне неприязненной и ожесточённой; в их адресованных друг другу полемических трактатах и письмах исследователи нередко встречают весьма грубые личные нападки. Поводом для начала полемики с Георгом Витцелем стало издание им под псевдонимом Агрикола Фагон трактата «В защиту добрых дел, против новых евангелистов» («Pro defensione bonorum operum advesus novos evangelistas», 1532 г.), в котором Георг Витцель упрекал лютеран в том, что в их учении о спасении отрицается ценность добрых дел, так что они оказываются излишними.