Георг Витцель утверждал, что добрые дела заповеданы в Евангелии, поэтому лютеране, отвергая их, служат своим желаниям и страстям и отвергают само Евангелие; кроме того, изучение сочинений древних церковных писателей убедило его в истинности католического учения о добрых делах и в ложности протестантского учения. Сразу же после прочтения сочинения Георга Витцеля Йонас Юстус написал и издал ответный трактат «Против трёх листков Агриколы Фагона» («Contra Tres Pagellas Agri Phagi», 1532 г.). В нём Йонас Юстус отмечал, что заблуждения Георга Витцеля коренятся в том, что он неверно понимает связь между добрыми делами и отпущением грехов. Согласно Йонасу Юстусу, добрые дела не могут быть основанием для отпущения грехов; напротив, человек становится способен совершать их лишь благодаря отпущению грехов, которое подаётся ему через веру в Иисуса Христа. Таким образом, добрые дела являются неотъемлемым элементом христианской жизни, но спасают человека не они, а одна лишь благодать Божья. Содержащиеся в трактате рассуждения Йонаса Юстуса о христианской церкви являются одним из наиболее ранних примеров протестантского противопоставления «двух церквей»: истинной «евангельской» и ложной «папистской». Йонас Юстус позаботился о том, чтобы это сочинение было отпечатано большим тиражом (более 1 тыс. экз.) и распространено среди лютеранских проповедников Германии с целью предостеречь их относительно заблуждений Георга Витцеля. В начале 1533 г. вышло ответное сочинение Георга Витцеля «Посрамление сверхклеветнического ответа Юстуса Йонаса, то есть Йодокуса Коха, а также защита добрых дел» («Confutatio calumniosissimae responsionis Iuvsi Ionae, id est, Iodoci Koch»). Первой реакцией на него Йонаса Юстуса стало предисловие, которое он написал к направленному против Георга Витцеля трактату лютеранского пастора Бальтазара Райды. В нём Йонас Юстус критиковал Георга Витцеля, а также Крота Рубеана, своего давнего эрфуртского друга, который в начале 1530 гг., как и Георг Витцель, вернулся в католицизм и поддерживал литературную деятельность Георга Витцеля. Весной 1534 г. Йонас Юстус выпустил новый крупный трактат против Георга Витцеля: «Какая церковь является истинной, а какая – ложной» («Wilch die rechte Kirche, und dagegen wilch die falsche Kirch ist»), в котором от полемики по вопросу о добрых делах перешёл к критике учения Георга Витцеля о церкви. Йонас Юстус подробно разбирал тезис Георга Витцеля о том, что католическая церковь является истинной в силу сохраняющегося в ней апостольского преемства. Согласно Йонасу Юстусу, католическая церковь сохраняет лишь внешнюю видимость правильной церковной организации, однако не может считаться истинной церковью, поскольку она «преследует Евангелие и истинное служение Богу». Истинную церковь Йонас Юстус определял как сообщество «всех богобоязненных людей, рассеянных по всему миру, которые хранят истинную веру в Христа, имеют правильное Крещение и Таинство (Евхаристии), которые всерьёз и от души призывают Христа, исповедуют Его (перед другими людьми) и терпят преследования ради Него». В качестве приложения к этому трактату был присоединён памфлет «История Георга Витцеля» («Görg Witzels historia»), написанный лютеранским пастором Юстусом Мением, в котором Георг Витцель объявлялся анабаптистом, антитринитарием и приверженцем многих других ересей.