Йонас Юстус подробно обосновывает необходимость для христианина обращаться к Богу с молитвой; в качестве примера христианской молитвы приводит текст «Молитвы против турок и всех врагов христианской Церкви», составленной Мартином Лютером в 1541 г. В заключительной части трактата Йонас Юстус предлагает 16 кратких «артикулов», в которых рассматриваются различия между «евангельским» и «папистским» учениями. Он кратко формулирует некий протестантский вероучительный тезис (вводя его формулой «Евангелие учит»), а затем приводит изложение соответствующего ему «ложного» католического учения (Gegenler). Выбор пунктов сопоставления Йонас Юстус осуществляет в соответствии с основными темами лютеровской антикатолической полемики; так, он касается учения об избрании и оправдании, о почитании святых, о таинствах, о епископской и папской власти и т.п. Единственным крупным экзегетическим сочинением Йонаса Юстуса является трактат «Замечания на Деяния святых апостолов» («Annotationes in Acta apostolorum»), опубликованный в 1524 г. в Виттенберге. Этот трактат был частью общего проекта, осуществлявшегося несколькими протестантскими теологами с 1519 по 1524 гг., – так называемого Виттенбергского комментария. В рамках проекта был выпущен ряд комментариев к библейским книгам, в которых их содержание интерпретировалось в соответствии с религиозными идеями Мартина Лютера. В создании комментариев помимо Йонаса Юстуса принимали участие сам Мартин Лютер (он прокомментировал Послание к Галатам, Первое и Второе послания апостола Петра и Послание Иуды), Филипп Меланхтон, Иоганн Бугенхаген, Иоганн Эколампадий и Франц Ламберт (ум. в 1530 г.). Комментарий Йонаса Юстуса невелик по объёму; в большинстве случаев он не объясняет все стихи подряд, а разделяет главы на небольшие смысловые отрывки; особо поясняет некоторые выражения и слова, которые кажутся ему трудными для читателя; в ряде случаев делает специальные отступления, в которых кратко останавливается на богословском содержании некоторых отрывков. При комментировании богословски важных мест «Деяний святых апостолов» Йонас Юстус опирался на богословие Мартина Лютера, нередко отсылая читателя к его сочинениям. Так, например, обращение апостола Павла (Деян. 9:1–19) Йонас Юстус рассматривал в качестве основания и иллюстрации лютеровского учения об оправдании и о спасении, выделяя пять так называемых общих мест (loci communes), т.е. богословских положений: 1) «оправдание, вера и познание Христа» берут начало не в заслугах, делах или усилиях человека, но суть следствия «избрания, или переопределения» Божия в отношении тех, кого Он благоволил избрать; 2) любая праведность «от закона» или «по плоти» является ненавистной для Бога; 3) оправданию как «оживотворению» предшествует «умерщвление», т.е. ужас человека, переживающего обращённый на него гнев Божий; 4) Христос есть глава церкви, поэтому соединение с Христом означает вхождение в церковь, а гонящие церковь восстают на Христа; 5) проповедь Евангелия осуществляется двояко: изнутри человека побуждает к следованию Евангелию божественная благодать, тогда как внешне Бог пользуется словами проповедников, через которых возвещается слово Божие и сообщается Его воля. Поскольку «Деяния святых апостолов» содержат множество сведений об устройстве церковной жизни в апостольскую эпоху, с помощью свидетельств из этой книги, по убеждению Йонаса Юстуса, можно показать, насколько далеко католическая церковь отошла от апостольского образца.