Илия II с самого начала своего патриаршего служения установил тёплые взаимоотношения с православными церквами и их предстоятелями и главами других конфессий; предстоятели церквей обменялись визитами. Углублению отношений способствовало и избрание Илии II на пост президента ВСЦ (1978–1983 гг.). Илия II принимает участие в различных международных конференциях и неизменно как на внутрицерковной, так и на внешнеполитической арене отстаивает миротворческую позицию. Будучи Местоблюстителем Патриаршего престола, он принимал участие в состоявшейся 14 декабря 1977 г. в Троице-Сергиевой лавре встрече глав и представителей церквей и религиозных объединений СССР, во время которой выразил протест против производства нейтронного оружия и его размещения на территории стран Западной Европы. В 1978 г. выступил против массовых гонений и убийств армян в Бейруте (Ливан). В 1983 г. на заседании ВСЦ в Женеве Илия II и председатель ОВЦС РПЦ митрополит Кирилл призывали вывести советские войска из Афганистана, что было примером большой гражданской смелости. В 1990 г. были завершены начатые по благословению Илии II работы по установлению места захоронения пленных немцев в Тбилиси. 29 апреля 1991 г. Илия II направил президенту Турции Тургуту Озала письмо, в котором осудил факт допроса Константинопольского патриарха Димитрия I турецкими властями. В 1997 г. в ГПЦ начались волнения. Представители многих грузинских монастырей выступили с категорическим требованием выхода ГПЦ из состава ВСЦ, обосновывая это тем, что действия ВСЦ постепенно приняли экклезиологический характер. ГПЦ вышла из ВСЦ и Конференции европейских церквей, но активно участвует в открытых диалогах представителей православия с представителями других христианских и нехристианских конфессий. 29 мая 2001 г. на встрече в Тегеране с руководителем Организации по вопросам исламской культуры и связей Ирана аятоллой Мухаммадом Али Ташкири Илия II отметил, что высоко оценивает инициативу диалога между цивилизациями, с которой выступил президент Мохаммад Хатами. В частности, Илия II указал на то, что хотя «бытие Православной Церкви далеко от международной политики, но созданная в мире ситуация естественно требует высказать и наше мнение в этом направлении... Религиозные лидеры тоже обязаны поддержать механизмы создания мировой безопасности, что заключается в следующих направлениях: 1. Активизация и расширение ООН новыми структурами, где право решающего голоса будут иметь все независимые государства, члены ООН; 2. Признание территориальной целостности и фиксированных границ, существующих на сегодняшний день; 3. Реальные действия для достижения мирного сосуществования между мировыми государствами; 4. Создание международных вооружённых сил для мировой безопасности».