Судьбе малочисленных наций посвящено выступление Илии II на Международном форуме «Глобализация и диалог между цивилизациями», который прошёл в 2002 г. в Тбилиси. Католикос-Патриарх отметил, что глобализация неизбежна и связана с научно-техническим прогрессом, что, однако, не должно приводить к поглощению крупными странами духовных и национальных ценностей малых стран в целях создания единой, но безликой культуры. В феврале 2003 г. в Тбилиси было распространено заявление Илии II, резко осудившего положение в Ираке. «Время холодного мира, – отметил он, – в ближайшем будущем может стать серьёзной угрозой для тысяч и миллионов… людей». В 2007 г. Илия II подверг критике факт размещения в прессе некоторых европейских государств карикатур на Мухаммада, осудив их как оскорбление религиозных чувств верующих. По инициативе Илии II в октябре 2007 г. в Тбилиси прошёл Международный форум мира, в работе которого приняли участие учёные из Великобритании, Германии, Италии, Нидерландов, Польши, России, США, Чехии, представители Болгарии, Армении и Литвы. В рамках форума состоялся третий Международный симпозиум «Диалог цивилизаций – просвещение и воспитание как возможность сотрудничества сторон»; его организаторами стали Международный центр христианских исследований при Грузинской патриархии и Гелатская Академия Наук. Были затронуты темы духовного просвещения, религиозной этики, практической педагогики, просветительных технологий, интерференции культур, диалога цивилизаций. 7 июня 2008 г. в Баку Глава Управления мусульман Кавказа шейх-уль-ислам Аллахшукюр Пашазаде и Илия II, «намереваясь продолжить совместные труды ради созидания мира на Кавказе», подписали мирную декларацию. В документе отмечено, что Управление мусульман Кавказа и ГПЦ «обладают уникальным опытом межрелигиозного сотрудничества, который приносит добрые плоды и может служить поучительным примером... Стремление народов жить в добром соседстве, не отчуждая себя друг от друга, храня взаимопонимание и взаимоуважение, – это единственный путь, гарантирующий прочный и справедливый мир, освящённый благословением Всевышнего». В апреле 2007 г. Илия II был приглашён в Кувейт и Бахрейн, где он встретился с государственными и религиозными деятелями исламских стран. Это – первый в новейшей истории прецедент, когда христианский религиозный лидер с официальным визитом посетил арабские страны. В марте 2007 г. Илия II с официальным визитом посетил Москву и Троице-Сергиеву лавру, принял участие в презентации XIII тома Православной энциклопедии, в состав которого вошла серия статей, посвящённых Грузии и ГПЦ, сослужил Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II на литургии в храме Христа Спасителя.