24–27 декабря 2008 г. состоялся ответный визит в Грузию российской церковной и общественной делегации, приуроченный к 31-й годовщине интронизации Илии II Делегацию возглавили митрополит Оренбургский и Бузулукский Валентин (Мищук) и специальный представитель Президента РФ Михаил Ефимович Швыдкой. 8 декабря 2008 г. делегация ГПЦ, возглавляемая Илиёй II, первой из делегаций поместных церквей прибыла в Москву на похороны Патриарха Московского и всея Руси Алексия II; Илия II возглавил панихиду у гроба почившего патриарха. 9 декабря в храме Христа Спасителя Илия II и главы и клир других православных церквей провели заупокойную литургию и совершили отпевание патриарха. Проповеди и послания Илии II в трёх томах имеют большую популярность; эти издания стали для многих верующих настольной книгой. В них с особой остротой поставлены вопросы, в ответах на которые, по мнению Илии II, нуждается сегодня грузинский народ, – независимость, свобода, воспитание мышления, экономическое развитие страны. Илии II принадлежит несколько молитвословий, среди которых наиболее известны: Покаянная молитва, хвалебные песни Святой Троице, Пресвятой Богородице, святителю Николаю, архиепископу Мирликийскому, и великомученику Георгию, молитва «За мир и благополучие Родины». Особое значение Илия II придаёт разработанному им для всей паствы ГПЦ суточному смикратному молитвенному правилу и часто отмечает, что это самое важное, что он совершил. Молитвы правила читаются по часам: в 6.00 (начальные молитвы, Пс. 22, «Спаси, Господи, люди Твоя»), в 9.00 («Отче наш», Пс. 50, «Богородице Дево»), в 12.00 («Отче наш», Пс. 90, «Милосердия двери»), в 15.00 («Отче наш», Пс. 142, тропарь св. Нине), в 18.00 («Отче наш», Пс. 69, тропарь великомученику Георгию), в 21.00 («Отче наш», Пс. 127, тропарь святителю Николаю) и в 00.00 («Отче наш», Пс. 133, молитва об усопших, «Се, Жених грядет в полунощи»). В 2007 г. был записан диск «Слава в вышних Богу», куда вошли созданные Илиёй II музыкальные композиции церковных произведений: Трисвятое, «Ис полла эти, деспота», «Отче наш», ектения при рукоположении, «Милость мира», «Покаяния отверзи ми двери», «Свят Господь Бог наш», заупокойная ектения, «Прииди ко мне, Господи», исполняемый на акафисте гимн св. Нине «Радуйся, прекрасная» и песня на стихи грузинского поэта Важа Пшавелы «Эрекле перед боем». Песнопения на музыку Илии II часто исполняются на церковных и народных праздниках. В 2007 г. в Тбилиси был издан альбом с воспроизведением икон, написанных Илиёй II: «Троица», «С нами Бог», «Ветхий денми», «Грузия под покровом Всевышнего», Иверской и Влахернской икон Божьей Матери, образов архангелов Михаила и Гавриила, пророка Давида, св. царей Соломона II и Вахтанга Горгасали, св. царицы Тамары и др. Иконы работы католикоса-патриарха можно увидеть в Самеба, в Тбилисском Сиони, в церкви Пресвятой Богородицы в монастыре Манглиси, в кафедральном соборе царя Вахтанга Горгасали в Рустави, в Грузинской патриархии.