Устойчивая часть основной редакции насчитывает 164 главы, наилучшим образом эта часть представлена в списке Российской государственной библиотеки, последняя треть XV в. Непосредственным источником основной редакции «Измарагда», по мнению исследователей, стала древнейшая редакция, из которой были исключены календарные гомилии, а также статьи, обращённые к духовенству; некоторые статьи заменены другими вариантами тех же произведений; их появление в древнерусской письменности связано, как полагают исследователи, с новыми переводами в эпоху второго южнославянского влияния. Другими источниками основной редакции исследователи признают пространную редакцию «Златоструя» (в ранних списках основной редакции «Измарагда» есть ссылки на этот сборник) и дидактическую часть Пролога (источниками «Измарагда», по мнению исследователей, не являются сборники «Златоуст» и «Златая цепь», имеющие немного совпадений с традиционным составом «Измарагда»). По мнению исследователей, благодаря этим заимствованиям сюжетные произведения, почти отсутствовавшие в древнейшей редакции «Измарагда», в основной редакции составили не меньше четверти устойчивого состава сборника. В процессе развития основной редакции «Измарагда» её литературное ядро изменялось незначительно, тексты традиционных статей не перерабатывались. Главным направлением эволюции данной редакции было прибавление к сборнику дидактических поучений, назидательных рассказов, гомилий из «Торжественника» и «Златоуста», догматических статей, связанных с идейной борьбой того времени. Анализ частоты появления сюжетных произведений позволяет исследователям отметить тенденцию к беллетризации дидактического чтения. Варианты и переработки основной редакции создавались и переписывались во многих книжных центрах Древней Руси. Три варианта были составлены в Кирилло-Белозерском монастыре, где интерес к «Измарагду» был традиционным. В списках первого варианта (Российская государственная библиотека, начало XVI в.; Российская национальная библиотека, 1509 г., и восемь восходящих к ним списков) в конце сборника, после заключительной главы 164, добавлено заимствованное из Киево-Печерского патерика «Сказание Симона Владимирского о Тите попе и Евагрии дьяке», осуждающее ссоры в монастырях. В списках второго варианта (Российская национальная библиотека, Российская государственная библиотека; все XVI в.; а также три более поздних) традиционные главы 18 и 125 разделены на две статьи каждая, исходя из содержания. Дополнительные 20 статей (поучения и дидактические повести, толкования библейских текстов, апокрифические видения) были заимствованы, как полагают исследователи, из какого-либо монастырского четьего сборника и предназначались для келейного чтения.