Идейно-тематические особенности 28 дополнительных статей третьего варианта (Библиотека Академии Наук, вторая половина XVII в., и др.) отражают, по мнению исследователей, негативное отношение кирилло-белозерских книжников к опричной политике царя Ивана IV Васильевича Грозного. Этим исследователи объясняют включение в данный вариант обличительных компиляций на темы из библейской Книги пророка Исаии (начало: «Тако глаголет Господь: Аз воздвигох с правдою царя, и велия власть его заступает судом»). Указанные списки свидетельствуют о связи Кирилло-Белозерского монастыря с книжными центрами Северо-Восточной Руси – Вологдой, Галичем, Ярославлем. Причины появления дополнительных чтений в других вариантах основной редакции исследователи считают различными. В четырёх списках мазуринского варианта (Российский государственный архив древних актов; Исторический музей и др.; все XVI в.) предполагаемая причина введения двух статей из «Торжественника» («Слово Иоанна Дамаскина на Благовещение» и «Житие Алексия, человека Божия») – чтение «Измарагда» в каком-либо храме, где праздник Благовещения (и близкая по времени память Алексия, человека Божия, 17 марта) был престольным. Соловецкий вариант (Российская национальная библиотека, XVI в., и близкие к нему), созданный в период борьбы с ересью жидовствующих, пополнен статьями о догмате Святой Троицы. Устойчивый состав статей основной редакции подвергся существенной переработке в трёх взаимосвязанных вариантах: Царском (Исторический музей, XVI в., и др.), Владимира Николаевича Перетца (Институт русской литературы (Пушкинский  Дом), XVI в., и Научная библиотека МГУ, XVII в.), апокрифическом (Российская государственная библиотека, XVI в., и др.). Некоторые традиционные главы здесь исключены, другие переставлены, введены дополнительные статьи. Целью данной переработки, выполненной в монастыре, была, по мнению исследователей, беллетризация келейного чтения. Протограф варианта Царского состоял из ста глав, его источниками были устойчивая часть основной редакции «Измарагда» и переработка сборника, близкая к сборнику из Российской национальной библиотеки (конец XV в.), а также неизвестный монастырский учительный сборник. К варианту Царского восходят варианты В.Н. Перетца и апокрифический. Источник значительных дополнений в составе последнего – сборник апокрифов болгарского происхождения XIV или начала XV вв. с прибавлением статей из «Паренесиса» и «Торжественника». Поскольку именно этот раздел в списках апокрифического варианта подвергался целенаправленному уничтожению, состав статей реконструируется исследователями не полностью. Другой пример глубокой переработки устойчивой части основной редакции «Измарагда» – группа взаимосвязанных списков южнорусского происхождения: Российской национальной библиотеки, XVI в.; Библиотеки Академии Наук, XVI в.; Исторического музея, начало XVII в.