Во второй список, восходящий к вологодскому варианту, внесены также 12 традиционных статей второй редакции «Измарагда» (как полагают исследователи, переписчик скопировал их из списка второй редакции, но не исключают, что рукопись восходит к протографу, отражавшему переходный тип между двумя редакциями «Измарагда»). В обеих рукописях есть Жития и повести, не характерные для основного состава «Измарагда». В списках даниловского варианта древнейшей редакции, сформировавшегося не позднее первой трети XVII в. (Российская национальная библиотека, XVII в., Институт русской литературы (Пушкинский  Дом), XIX в.), традиционные статьи древнейшей редакции занимают не больше четверти состава. Дополнительные статьи («Повесть о царице Динаре», «Повесть о Петре и Февронии», произведения кипрского цикла, летописная вставка) указывают, по мнению исследователей, на зависимость данного варианта «Измарагда» от Хронографа редакции 1512 г. Даниловский вариант исследователи считают последним этапом развития древнейшей редакции. Позднее лишь подборки из отдельных её глав изредка включались в сборники неустойчивого состава. Древнейшая редакция «Измарагда» не получила широкого распространения в рукописной традиции и была вытеснена основной редакцией сборника, которая доминировала в XVI–XVIII вв. и предназначалась мирянам. Судя по маргиналиям в списках сборника, исследователи считают, что он использовался как для домашнего чтения, так и для чтения в церкви. Идейно-тематические особенности основной редакции (поучения о возможности «устроения души» в миру, сдержанное отношение к количественному росту монашествующих, умеренность в требованиях к исполнению обрядов, апология духовенства, усиление эсхатологических мотивов), а также датировка ранних списков (1420 гг.) позволяют исследователям предполагать близость создателей основной редакции «Измарагда» к окружению Фотия (1408–1431 гг.). В пользу гипотезы о формировании основной редакции при митрополичьей кафедре свидетельствует, по мнению исследователей, и бытование ранних списков как в Московской Руси, так и в Великом княжестве Литовском (как известно, общерусская митрополия распалась при преемниках Фотия). В основной редакции нет учительных статей, связанных со вторым южнославянским влиянием, по времени создания произведений основная редакция не отличается от древнейшей. Ранний этап формирования основной редакции отразился в списках Российской национальной библиотеки, 1422 г., и Библиотеки Академии Наук, 1420 гг., а также в восходящих к последнему списках Российской национальной библиотеки, конец XV в., начало XVI в.