Эти «миры» не связывает даже общеевропейское наследие христианского откровения, смысл которого закрыт для Запада. Лишь научные знания и достижения точных наук Игнатий признавал равнозначным свидетельством о Боге для Запада и Востока: «Мечтатели сделались безбожниками, а изучившие глубоко математику всегда признавали не только Бога, но и христианство, хотя и не знали христианства как должно. Таковы были Невтон и другие… Мудрец греческий Платон воспрещал упражнение в философии без предварительного изучения математики. Верный взгляд на дело!». Игнатий признавал возможность религиозного диалога между Востоком и Западом на языке науки и считал желательным, «чтобы кто-либо из православных христиан, изучив положительные науки, изучил потом основательно подвижничество православной Церкви и даровал человечеству истинную философию, основанную на точных знаниях, а не на произвольных гипотезах» (при жизни Игнатия его отношение к инославию в церковно-академической среде нередко воспринималось скептически). Резко разделяя Восток и Запад, Игнатий столь же резко высказывался по вопросу о границах церкви. В отличие от Филарета (Дроздова), который полагал, что «христианская Церковь может быть только либо “чисто истинная”, исповедующая истинное и спасительное Божественное Учение без примешения ложных и вредных мнений человеческих, либо “не чисто истинная”, примешивающая к истинному и спасительному веры Христовой учению ложные и вредные мнения человеческие», Игнатий не допускал возможности существования “не чисто истинной” церкви. С его точки зрения, «способна восхвалить Бога похвалою богоугодною одна Православная Церковь; одни истинные сыны её, верные недру её – её догматическому и нравственному преданию – способны наследовать благословение». За границами этой единственной «истинно чистой» церкви нет никакой существенной разницы между язычниками, мусульманами, католиками, лютеранами и т.д.; спасение в основанных на лжи учениях невозможно: «Молитвы тех, которые действиями своими противятся Богу, не приняты, отвергнуты Богом. – Раскольник и еретик чужды смирения, как чужд смирения дьявол, а потому они чужды спасения, как чужд его дьявол». Игнатий критически оценивал современное ему состояние Русской церкви. Прежде всего, он указывал на уклонение от христианской нравственности: «Общая безнравственность приготовляет отступничество в огромных размерах». Под влиянием западного ложного просвещения русское христианское общество устремилось к «светскости», а пастыри церкви не могут противостоять процессу секуляризации, т.к. утратили своё духовное значение, «порождаемое решительным отрешением от мира». Сословность духовенства привела к подмене церковных интересов личными, произошло отчуждение священства от паствы. «Миролюбие, ненасытное стремление к суетным почестям, к накоплению капиталов уничтожило в пастырях христиан, оставило в них лишь презренных ненавистных полицейских по ненависти их к народу, по злоупотреблениям и безнравственности». В высшем церковном управлении происходит борьба священников и архиереев, обер-прокурора и синодальных членов. Кроме того, наличие в Синоде протопресвитеров, которые управляют военным и придворным духовенством независимо от архиерея, по мнению Игнатия, может быть приравнено к церковному расколу. Для оздоровления церковного управления он считал необходимым созыв Собора русских архиереев, а также восточных патриархов, с участием представителей монашества, белого духовенства и мирян.