Собор должен рассмотреть все постановления, которыми руководствуется Русская церковь. Необходимо упразднить сословность духовенства. Для этого нужно приготовить «в приходские священники избранных лиц приходом, а во епископы – епархиею». В монастырях необходимо восстановить уставы и правила св. отцов (Игнатий полагал, что наиболее подходящим для современного монашества уставом является скитский устав Нила Сорского), а это возможно только через духовных наставников и не может быть делом светских людей. Вместе с тем он не считал, что вмешательство светских лиц в дела церковного управления приносит только вред церкви. Прежде всего, признавал право избрания епископов государем вполне согласным с духом церковных канонов. Большое значение Игнатий придавал должности обер-прокурора, который, по его мнению, необходим для церкви, чтобы заботиться о её нуждах, соотнося их с государственными интересами. Для этого обер-прокурор должен быть равным высшим государственным сановникам и иметь право всеподданнейшего доклада. Инструкция, которая была составлена Петром Великим для обер-прокуроров, стесняла их деятельность, что наносило «величайший вред делу Церкви», поэтому когда в XIX в. обер-прокуроры (Александр Николаевич Голицын и Николай Александрович Протасов) получили более широкие полномочия, они, по мнению Игнатия, стали «самыми полезными людьми для Церкви в материальном отношении, самыми ревностными защитниками прав её, защитниками сильными, более сильными, чем сам Синод». Однако такое положение обер-прокуратуры непрочно, т.к. оно есть плод случайных придворных связей. Кроме того, обер-прокуроры часто входят в столкновение с Синодом, поэтому для блага церкви, считал Игнатий, необходимо закрепить их фактический статус, переименовав в попечителей православной церкви. В этом случае «внутренняя борьба в Синоде, потрясающая и разрушающая его, борьба между светскою и духовною властями, борьба непрестающая, хотя и не всегда явная, уничтожится: попечитель, имея значение и права высшего сановника (будучи членом Государственного Совета и Комитета Министров), будучи Попечителем, а не Министром, не встретит причин для борьбы, которая возникает из стремления к возвышению, стремления, вызываемого необходимостью». Попечитель также должен контролировать все вероисповедания в России на правах министра. Без придания надлежащего статуса обер-прокурору созыв Собора, по мнению Игнатия, будет бесплодным вследствие обязательного столкновения государственной и церковной властей. Игнатий призывал беречь обер-прокурора, потому что он имеет на «монашество и на всю Церковь Русскую особенное влияние». Причину такого влияния обер-прокурора он связывал с оскудением церковной иерархии: «Какое время! Для поддержания Церкви нужно быть во главе управления светскому лицу, потому что обуявшая соль способна только быть попираемою человеками».