20 января 1926 г. решением президиума Севастопольского райисполкома Инкерманский монастырь был окончательно упразднён и перешёл в подчинение Местхозу города. Через 20 дней было принято решение о ликвидации Никольского собора, Благовещенской, Пантелеимоновской, Вознесенской и Димитриевской церквей. После Крымского землетрясения 1927 г. в Никольском соборе и Благовещенской церкви, находившихся на плато Монастырской скалы, образовались трещины и, согласно постановлению ЦИК Крымской АССР, храмы надлежало разобрать. В 1927 г. было проведено два крестных хода: 8 августа – из Троицкой церкви к часовне у городской водокачки; 8 декабря (в храмовой праздник) – с иконой священномученика Климента из севастопольского кафедрального Покровского собора в Инкерман и обратно. В том же году в соответствии с распоряжением ЦИК Крымской АССР религиозное общество Климентовской церкви было распущено, но 28 декабря 1930 г. по ходатайству верующих вновь зарегистрировано. Членами исполнительного органа общества, состоящего из 20 человек, стали: «председатель – В.М. Чеботарев, 56 лет, архимандрит; казначей – Н.Д. Кисель, 63 лет, чернорабочий; секретарь – Т.А. Попова, 35 лет, портниха». В октябре 1927 г. решением Севастопольского райисполкома монастырская часовня, возведённая на месте захоронения воинов Инкерманского сражения, была передана детскому саду (в связи с тем что не использовалась верующими для богослужений с 1925 г.), а 10 февраля 1928 г. решением ЦИК Крымской АССР упразднена; 3 февраля 1930 г. была ликвидирована Троицкая церковь. 15 декабря 1931 г. был закрыт последний храм древнего монастыря (Климентовский) по решению ЦИК Крымской АССР: «Ввиду отказа от дальнейшего пользования молитвенным зданием со стороны религиозного объединения православную церковь в Инкермане ликвидировать. Так как здание данной церкви имеет историческое значение – передать таковое в ведение ОХРИСа. Председатель Крым. ЦИКа Тархан» (Государственный архив города Севастополя). Последними насельниками обители были настоятель архимандрит Венедикт (Чеботарёв), Прокопий (Качан) и два 85-летних старца – Герман (Андриевский) и Митрофан (Бороздин). 8 марта 1932 г. имущество Инкерманского монастыря по описи было передано Севастопольскому музейному объединению: два мраморных престола, 68 икон, деревянная люстра, два дубовых престола, металлический и деревянный иконостасы и т.д. (всего 105 ценных предметов на сумму 262 руб.). В том же году в пещерной церкви св. Мартина была устроена музейная выставка, которая просуществовала недолго: в 1936 г. её закрыли, т.к. экспонаты портились от сырости. Последующие годы обитель находилась в запустении, помещения эпизодически использовались жителями посёлка в качестве жилья либо по другому назначению. Так, в храме священномученика Климента временно размещался запасной приёмный радиоцентр, а в Пантелеимоновском была устроена пекарня. Софийский монастырь после 1922 г. стал оплотом монашества, в 1926 г. иноки во главе с игуменом Феодосием (Гринёвым) организовали службу при храме и объявили о создании нового монастыря. В начале 1920 гг. монастырские гостиничные номера были заселены временными постояльцами, с 1923 г. – семьями служащих ВОХР железнодорожных мостов, два монашеских корпуса на плато скалы – семьями рабочих-подёнщиков (Государственный архив города Севастополя).