Летом 1926 г. корпуса были юридически закреплены за служащими постов ВОХР; ходатайство сельсовета об организации в части помещений школы было отклонено из идеологических соображений. В декабре 1926 г. сотрудник Севастопольского военно-исторического музея Павел Петрович Бабенчиков подал в Севастопольский РИК докладную записку о том, что пещерная церковь как памятник истории должна быть включена в экскурсионные маршруты. Предлагались расторжение договора с религиозным обществом и передача древнего пещерного храма в ведение музея. На какое-то время монахам удалось отстоять здание, но 12 июля 1928 г. церковь была окончательно закрыта и 19 июля передана Херсонесскому музею. Во время Великой Отечественной войны при обороне (1941–1942 гг.) и освобождении (1944 г.) Севастополя в Инкермане также проходили тяжёлые бои. В пещерных помещениях Инкерманского монастыря размещался командный пункт 25-й Чапаевской стрелковой дивизии Приморской армии, после окончания войны при входе в пещерный монастырский комплекс была установлена мемориальная доска. Братская могила воинов 25-й стрелковой дивизии находится у подножия Монастырской скалы. На небольшом кладбище XIX–XX вв., расположенном на плато скалы, сохранилось надгробие с посвящением одному из защитников Севастополя: «Пулемётчику Дмитриченко, геройски погибшему 2 мая 1942 года, прикрывая отход раненых, женщин и детей». В ходе боёв пострадали Троицкая церковь, монастырская гостиница, братские корпуса на плато Монастырской скалы, Никольский собор, Пантелеимоновский храм. После окончания войны собор и храм были разобраны на камень. С 1991 г., при епископе Симферопольском и Крымском Василии (Златолинском), началось возрождение древних храмов как приходских. 4 марта 1993 г., при архиепископе Симферопольском и Крымском Лазаре (Швеце), был официально зарегистрирован монастырь священномученика Климента. Много труда и сил положил на его возрождение, как и ряда других древних святынь Крыма, архимандрит Августин (Половецкий; ум. в 1996 г.). За семь лет подвижнической деятельности он восстановил из руин три севастопольских храма, скит и два монастыря, первым из которых был Климентовский. Трагически погибший архимандрит Августин (Половецкий) был погребён в ограде возрождённой им обители у подножия Монастырской скалы. В 2009 г. в Инкерманском монастыре действующими были пять храмов: пещерные Климентовский, Андреевский, Мартиновский, полупещерный Пантелеимоновский и наземный Троицкий. Готовились к возрождению пещерный храм св. Димитрия Солунского и Никольский собор. Главная святыня обители – рака с частицей мощей священномученика Климента Римского, переданная в 1990 гг. из Киево-Печерской лавры. Храм древнего монастыря Святой Софии в 1990 гг. был освящён в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» и передан возрождённому Инкерманскому монастырю. К Инкерманскому монастырю приписаны храм во имя преподобного Евстратия Киево-Печерского в селе Терновка (перестроен из жилого дома архимандритом Августином (Половецким) и игуменом Борисом; освящён в 1995 г.) и Преображенский скит в окрестностях села Терновка, в лесистом верховье глубокой Монастырской балки на бывших монастырских землях. Восстановление было начато в 1995 г. архимандритом Августином (Половецким). На территории скита находится древний источник св. Феодора, знаменитый своей целебной водой, и два действующих храма: Преображения Господня и преподобного Кассиана, Учемского чудотворца. В Инкерманском монастыре проживают около 15 насельников, настоятель – игумен Иов (Бородулин).