К 1917 г. в Инкерманском монастыре было девять храмов: Никольский собор, пещерные церкви (Климентовская, Андреевская, Мартиновская, Вознесенская, Димитрия Солунского), а также полупещерная Пантелеимоновская церковь, домовые Благовещенский и Троицкий храмы. Рядом с обителью находился некрополь, частично сохранившийся. В 1920 г. здесь был похоронен известный изобретатель в области военно-морского дела Евгений Викторович Колбасьев. В 1897 г., при игумене Иакове (Рыкове), в Инкерманском монастыре проживали три иеромонаха, три иеродиакона, шесть монахов и до 30 послушников. В 1905 г. в связи со строительством новых храмов, а также в связи с благоустройством и расширением обители, увеличением числа монахов Инкерманская киновия была переведена в разряд второклассного общежительного монастыря, а настоятель игумен Иаков возведён в сан архимандрита. В 1910 г. в штате обители числилось 16 иеромонахов, три иеродиакона, 15 монахов (один рясофорный), 24 послушника, в 1912 г. – 75 насельников, в 1917 г. – 25 монахов и 122 послушника. В годы гражданской войны насельники Инкерманского монастыря активно участвовали в деятельности духовного управления барона Петра Николаевича Врангеля, регулярно совершали молебны о спасении России от большевизма. После установления в Крыму советской власти (1920 г.) на национализированных монастырских землях была образована трудовая артель, членами которой стали оставшиеся в обители монахи. С 1920 г. все монастырские храмы становятся приходскими. В 1921 г., при архимандрите Венедикте (Чеботарёве), на территории Инкерманского монастыря ещё проживали 20 священнослужителей, десять монахов, четыре послушника, но уже с 1922 г. началось последовательное притеснение братии. Комиссия Севастопольского окрисполкома передала все постройки монастыря в бесплатное пользование верующим города (30 марта 1922 г.), конфисковала серебряные вещи «для нужд борьбы с голодом» (23 ноября 1922 г.). В 1923 г. всё движимое и недвижимое имущество монастыря перешло в распоряжение окружного Земельного отдела, который стал полностью контролировать деятельность общины. Ситуация осложнилась к лету 1923 г. в связи с обновленческим расколом, созданием «Живой церкви», к которой примкнула бывшая монастырская община. В соответствии с решением обновленческого Собора Российской православной церкви (29 апреля 1923 г.) о закрытии монастырей в городах и преобразовании монастырских общин, удалённых от населённых пунктов, в трудовые артели в помещениях Инкерманского монастыря была образована трудовая артель из монахов бывшей обители. С 1924 г. начались перерегистрация религиозных общин, пользовавшихся монастырскими храмами, и перезаключение договоров о пользовании имуществом, также сопровождавшиеся внутренними конфликтами. Государственное решение об обязательном страховании имущества церквей (1925 г.) поставило инкерманскую общину в ещё более сложное экономическое положение, в результате которого в ноябре того же года был перезаключён договор с Севастопольским райисполкомом только на две церкви: пещерную – священномученика Климента (с приделами св. Мартина и апостола Андрея Первозванного) и наземную – Святой Троицы.