У Монастырской скалы к 1895 г. построен и освящён полупещерный храм во имя великомученика Пантелеимона в память спасения царской семьи в железнодорожной катастрофе; алтарная апсида была высечена в скале, квадратный в плане наос наземный; иконостас работы В.Д. Фартусова; на фронтоне надпись: «На память спасения Августейшей семьи у ст. Борки 17 октября 1888 г.». Храм построен в скромных формах классицизма, увенчан невысоким куполом без барабана, боковые фасады украшены фронтонами, западный – портиком; апсида устроена в скале. В начале XX в. насельники Инкерманского монастыря стали фактическими хозяевами территории крепости Каламита. С 1902–1903 гг., при настоятеле игумене Иакове (Рыкове), здесь на средства ростовского купца М. Рогожина возводили соборный храм во имя Николая Чудотворца и два жилых корпуса. Возможный автор проекта – Георгий Прокопьевич Долин, архитектор Севастопольского градоначальства. Никольский собор (одноглавый, близкий к кубу, но с выраженными в верхней зоне ветвями подкупольного креста) был построен в византийском стиле. Архитектурными образцами для него послужили местные храмы – соборы св. князя Владимира в Херсонесе (архитектор Давид Иванович Гримм, проект 1859 г., построен в 1861–1879 гг.) и Севастополе (архитектор Алексей Александрович Авдеев, проект 1862 г., построен в 1873–1888 гг.). Строительство Никольского собора было завершено в 1905 г. к 50-летнему юбилею обороны Севастополя. В 1900–1907 гг. на крепостном плато монахи построили ещё один храм и два жилых корпуса. В то же время по инициативе А.Л. Бертье-Делагарда, выступавшего от имени Императорской Археологической комиссии, была проведена реставрация башни №1. В верхнюю часть лицевого панциря свода заложили замковый камень, на котором были высечены ставшие знаменитыми и глубоко символичными слова неизвестного инкерманского подвижника: «Аз хочу зде Русь учинити». Кроме келейных корпусов на территории крепости был построен жилой дом, с наружной стороны крепости, во рву, устроены погреба. В 1903 г. после доклада председателя Комитета по восстановлению памятников Севастопольской обороны великого князя Александра Михайловича император Николай II повелел восстановить древний монастырь Святой Софии как памятник воинам, павшим в Инкерманском сражении. Пожертвования деньгами и утварью, присланные со всех концов России, дали средства, необходимые для его восстановления. Автор проекта реставрации и строитель – архитектор Александр Михайлович Вейзен. В храме были помещены образа войсковых частей, принимавших участие в Инкерманском сражении. 27 сентября 1905 г. в присутствии великого князя Александра Михайловича и ветеранов Севастополя древний пещерный храм был освящён в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость», он был приписан к Никольскому Адмиралтейскому собору в Севастополе. В 1905 г. епископ Алексий (Ржаницын) освятил во имя великомученика Димитрия Солунского пещерный храм XIV–XV вв., известный исследователям как Армянская церковь. В 1907–1910 гг. на плато было завершено строительство жилых корпусов с домовой церковью в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, приобретён дом в Севастополе, построен молитвенный дом на лесной даче у деревни Ай-Тодор, взята на содержание церковноприходская школа на 37 учеников.