В росписи 1684 г. Троицкого собора костромского Ипатиевского монастыря его образ помещён в диаконнике среди Ростовских и Новгородских святителей. Образ Исаии наряду с изображениями других местных святителей включён в программу росписей храмов Ростовского архиерейского дома (Ростовского кремля). Так, в церкви Спаса на Сенях святитель представлен в рост, в коричневой фелони с растительным орнаментом, на западной стороне аркады солеи (1675 г.). Образы Исаии есть в стенописи церкви Воскресения (около 1670 г.), в оконном проёме солеи, и в церкви апостола Иоанна Богослова (1683 г.), на откосе окна верхнего яруса. Во второй половине XVII в. на западной внешней стене ростовского Успенского собора вокруг портала были написаны фигуры Ростовских святителей Леонтия, Исаии и Игнатия; под нижними окнами – полуфигуры святителей Леонтия и Исаии (изображения сохранились фрагментарно). В росписях церквей XVIII – начала XX вв. Ростова и Ростовского уезда часто встречаются образы Исаии, исполненные, как правило, в живописной манере (исследователям известно около 20 храмов с его изображениями). Исаию писали, в основном, с длинной седой бородой, в клобуке, например, в росписи первой четверти XIX в. (ростовский художник П.С. Рябов) церкви во имя Димитрия Ростовского в Спасо-Иаковлевском монастыре (в медальоне в алтаре, благословение именословное, в левой руке – раскрытая книга). В церкви Григория Богослова Ростовского кремля клеевую роспись исследователи датируют 1884 г.; в центральной апсиде представлена «Тайная вечеря», по сторонам композиции – святители Леонтий и Исаия. В Богоявленском соборе Авраамиева монастыря стенопись создана после 1730 г.; образ Исаии помещён в святительском ряду главной апсиды вместе с образами святителей Леонтия и Игнатия. В соборе ростовского монастыря Рождества Богородицы Исаия написан в алтаре (1715 г.). В церкви Спаса на Песках Спасо-Иаковлевского монастыря роспись выполнена в 1890 г. К.Я. Леоновым по заказу епископа Угличского Амфилохия (Сергиевского-Казанцева); Исаия изображён в рост на западной грани северо-западного столба. В ростовской церкви Вознесения Господня образы Ростовских чудотворцев – в северной апсиде на откосах дверного проёма (живопись 1720 гг., неоднократно поновлялась). Исаия представлен в стенописи 1816 г. архиерейского живописца И.М. Гладкова в церкви святителя Николая на Всполье в Ростове. В церкви святителя Иоанна Златоуста в селе Годенове (роспись – 1859 г., А. Глебов, поновление – 1900–1903 гг., В. Кузнецов и Н. Морокуев) Исаия написан с потиром в руке на откосе проёма царских врат, между святителями Игнатием и Леонтием (воспроизведено). В Троицкой церкви села Вощажникова Борисоглебского района (роспись выполнена в конце XVIII в. ярославскими мастерами) фигура Исаии расположена на откосе окна северной стены четверика. В стенописи галереи русских святых, ведущей в пещерную церковь Иова Почаевского в Почаевской Успенской лавре (живопись в академической манере конца 1860 – 1870 гг. работы иеродиаконов Паисия и Анатолия, поновлена в 1970 гг. и около 2010 г.), седобородый Исаия изображён в митре.