Во время его епископства в Ишханской епархии регионом управлял ахалцихский паша Ростом (1647–1654 гг.), при котором «ислам окончательно упрочился в Саатабаго; дворянство пало; епископы удалились; храмы опустели; образа, кресты, святые мощи начали вывозить в Гурию, Одиши, Картли и Кахети». В 1650 г. ишхнели стал Тбетский епископ Гедеон (Саприсдзе). В приписке к рукописи Института рукописей имени Корнелия Кекелидзе сказано: «338 (т.е. 1650 г.). В этом году тбели (Тбетский архиерей) Саприсдзе от султана получил кафедру Ишханскую и Ацкурскую». В другой приписке сообщается, что Тбетскую епархию епископ Гедеон возглавил в 1637 г. Исследователям неизвестно, сохранил ли епископ Гедеон при назначении правящим архиереем в Ишханской и Ацкурской епархиях ещё и Тбетскую кафедру под своим управлением. Исследователи полагают, что при управлении одним епископом двумя такими крупными епархиями, Тбетская вряд ли могла оставаться под отдельным управлением. Не позднее 1650 г. тао-кларджетских архиереев уже назначал или утверждал османский султан; епархиальное управление в Тао-Кларджети было укрупнено: под властью одного архиерея находилось несколько епархий. Следующий известный исследователям ишхнели – митрополит Герман. Его имя содержится в синодике первой части «Гелатского Гулани» (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе): «Господи Иисусе Христе, помилуй раба Твоего, митрополита Ишханского Германа, аминь». Других сведений о нём не сохранилось, период его деятельности на основе палеографических данных исследователи датируют второй половиной XVII в. В последнем двадцатилетии XVII в. в исторических источниках встречается ещё один ишхнели – митрополит Николай (Николоз), о котором в колофоне рукописи 1687 г. сказано: «Господи, отпусти грехи и вину Николозу Ишхнели; короникон 365». По мнению исследователей, тот же ишхнели Николай на странице рукописного сборника песнопений (XIII в.; Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе) сделал такую приписку: «Я, Николоз Ишхнели, прочитал книгу сию; она полна премудростей». Фёдор Давидович Жордания охарактеризовал его как «последнего ишхнели, изгнанного из Чорохского ущелья магометанами». Племянник ишхнели Николая, тоже Николоз, в том же 1687 г. сделал приписку письмом мхедрули на первой странице принадлежащего мцхетскому кафедральному собору Светицховели сборника сочинений Григория Богослова (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе), переписанного по заказу епископа Захарии Банели в 1030 г. В приписке сказано: «Много раз прочитал тобою умудрённого сего Богослова, удивился и восторжен его мудростью..., старался вникнуть и понять, и со старанием малое приобрёл». В XVIII в. в крае преобладал ислам, Ишханская епархия пришла в упадок, слово «ишхнели» преобразовалось в фамилию: род Ишхнели дал Грузии многих известных деятелей. После включения города Ахалцихе в состав Российской империи (1829 г.) территории бывшей Ишханской епархии были распределены между Эрзерумским и Трапезундским вилайетами Турции. 19 июля 1801 г. священник Осе (Иосиф) Габашвили закончил переписывать обширную рукопись Симеона Метафраста; работа была заказана священником Симеоном Ишхнели для церкви в селе Чхари.