Автор «Деяний Иоанна» знает Новый Завет (см. главы 87–93), но не цитирует его, равно как и Ветхий. При этом автор признаёт церковь, молитвы и евхаристию, которой придаётся большое значение (главы 85–86). Рецепция и влияние «Деяний Иоанна» прослеживаются в больших апокрифических деяниях II–III вв., в том числе в «Деяниях апостола Андрея», а также в позднейшей апокрифической литературе. Особенно это касается темы полиморфизма Христа. Вместе с другими большими апокрифическими деяниями апостолов «Деяния Иоанна» были популярными среди манихеев. Об этом свидетельствует их многократное цитирование в Манихейской Псалтири. Первым из церковных авторов «Деяния Иоанна» упоминает Евсевий Кесарийский, который осуждает их как еретические. Такой оценки в дальнейшем придерживались и другие церковные авторы. Исключение составляют лишь Дидим Слепец, Августин Блаженный, а также акты иконоборческого Собора в Иерии 754 г. Окончательно «Деяния Иоанна» были осуждены на седьмом Вселенском соборе в 787 г. Последнее упоминание о «Деяниях Иоанна» содержится у Константинопольского патриарха Фотия. Вместе с тем сомнительное вероучение «Деяний Иоанна» и тот факт, что это был единственный подробный рассказ о деяниях и смерти святого, гробница которого в Эфесе являлась одной из главных святынь христианского мира, рано привели к появлению большого числа переработок этого текста. В IV в. была составлена версия «Деяний Иоанна» на сирийском языке, в V в. написаны греческие «Деяния Иоанна» Псевдо-Прохора, в VI в. – латинский вариант «Virtutes Iohannis» и «Passio Iohannis». Существуют также другие сирийские, коптские, арабские, эфиопские, армянские и грузинские переработки «Деяний Иоанна». На основе «Деяний Иоанна», но с добавлением нового материала составлены греческие «Деяния апостола Иоанна в Риме», сборник в парижской рукописи и армянские «Деяния апостолов Иоанна и Иакова». В Х в. Симеон Метафраст создал каноническую версию рассказа об апостоле Иоанне. Также материал «Деяний Иоанна» содержится в Похвальных словах апостолу (например, в энкомии Псевдо-Златоуста). Наиболее значимыми из переработок «Деяний Иоанна» являются греческие «Деяния апостола Иоанна» Псевдо-Прохора и «Деяния апостола Иоанна в Риме», сирийская «История апостола Иоанна», латинская «Virtutes Joahnnis» и «Passio Johannis». «Деяния апостола Иоанна», приписываемые его ученику Прохору, исследователи датируют V в. Имя св. Прохора было придано этому псевдоэпиграфу для утверждения традиции проповеди апостола Иоанна в Эфесе, т.к. история его служения там оказалась под подозрением из-за неправославного характера «Деяний Иоанна». Вопреки гипотезам Рихарда Адальберта Липсиуса и Теодора Цана современные исследователи предполагают, что автор этого текста использовал не все древние «Деяния Иоанна», а только рассказы о борьбе апостола с культом Артемиды Эфесской и о смерти апостола. Исследователи полагают, что автор был знаком и с другими переработками «Деяний Иоанна». Скорее всего, это был мирянин сиро-палестинского происхождения, который считал своей задачей убрать из «Деяний Иоанна» все неортодоксальные места и дополнить текст подробностями из биографии апостола (пребыванием в ссылке на Патмосе и чудесным исчезновением его тела после погребения).