По мнению исследователей, в начальной части говорилось и о его выборе обетов безбрачия и девства (сейчас об этом в главе 113). Поскольку в главе 18 описываются проводы апостола Иоанна Богослова из Милета обращёнными им в христианскую веру Демоником, его отцом Аристовулом, Клеобием и женой Маркелла, исследователи предполагают, что в первоначальной версии содержался рассказ о его деяниях в этом городе. В первом сохранившемся фрагменте (главы 18–36) после прихода апостола Иоанна из Милета в Эфес (глава 18) помещены три эфесские истории. В главах 19–25 Иоанн Богослов воскрешает Клеопатру и её умершего от горя мужа Ликомида, которые обращаются ко Христу. В главах 26–29 Ликомид заказывает художнику портрет св. Иоанна, но апостол смеётся над этим изображением и говорит, что Ликомид должен отобразить в себе самом духовный портрет Иоанна. В главах 30–36 Иоанн собирает в эфесском театре старых жительниц города и исцеляет их от болезней. Далее в тексте лакуна. По мнению исследователей, не сохранилась история Друзианы и Андроника (сюжетная канва может быть восстановлена по главам 87, 63, 73, 74 и 82 и по аллюзиям в Манихейской Псалтири, III в.). Друзиана, обращённая Иоанном в христианскую веру, отказывается от сожительства с мужем Андроником, который запирает её вместе с Иоанном в склепе. Христос является Друзиане в образах Иоанна и юноши и освобождает узников через 14 дней, после чего Андроник обращается ко Христу. В следующем сохранившемся фрагменте (главы 87–105) содержится продолжение этой истории. Иоанн наставляет братьев, рассказывая им о полиморфических явлениях Христа апостолам (главы 87–93). В этот рассказ вставлены главы гностического происхождения: 94–96 (танцевальный гимн) и 97–102 (история явления Иоанну Иисусом креста из света вместо обычного креста, видимого остальным). В главах 103–105 Иоанн завершает увещание и отправляется на прогулку с Андроником и Друзианой. Рассказ прерывается лакуной; в утраченном тексте описывалось дальнейшее пребывание Иоанна в Эфесе (по мнению исследователей, это те три эпизода, два из которых фрагментарно сохранилось в папирусе, а все три – в ирландской «Liber Flavus Fergusiorum»). В первом эпизоде Иоанн обращает ко Христу жреца Зевксиса, во втором – учит презрению к золоту, в третьем – прогоняет беса, напавшего на него в облике воина. В следующих сохранившихся главах 37–55 описывается конец первого пребывания Иоанна в Эфесе. В главе 37 милетские братья приглашают его отправиться в Смирну. Иоанн идёт в храм Артемиды Эфесской на праздник и произносит речь, а потом разрушает храм с помощью молитвы (главы 38–45). В главах 46–47 апостол воскрешает жреца Артемиды, в главах 47–54 воскрешает убитого мужчину и изгоняет беса из его сына-убийцы. В главе 55 жители Смирны приглашают апостола Иоанна Богослова к себе.