Далее Э. Жюно и Ж.Д. Кестли предполагают отсутствие небольшого текста в котором был ответ Иоанна смирнцам и описывался уход Иоанна из Эфеса. Однако исследователи считают вполне возможным, что глава 56 непосредственно продолжает действие главы 55: после просьбы смирнцев Иоанн сразу же уходит из Эфеса (тем более что такое путешествие предполагалось в главе 37). В Смирне Иоанн исцеляет сына знатного человека Антипатра (главы 56–57). Далее имеется лакуна в том месте, где должна была идти речь о переходе Иоанна из Смирны в Лаодикию и, возможно, о посещении других городов Асии. Здесь же Иоанн, по мнению исследователей, обращает ко Христу Аристовула, Аристиппа и Ксенофонта и некую блудницу, которые в главе 59 следуют в Эфес вместе со старыми учениками Иоанна (Андроником, Друзианой, Ликомидом и Клеобием). По дороге Иоанн выгоняет из гостиницы блох (главы 60–61). В главах 63–86 приводится история любви юноши Каллимаха к Друзиане. Когда Друзиана умирает, Каллимах и Фортунат проникают в её склеп, где их также настигает смерть, но затем они воскресают (Фортунат вскоре опять умирает). Вся история завершается евхаристией в склепе, ставшем из места смерти источником жизни. Главы 106–115 посвящены прощанию Иоанна с братьями и его кончине: он выходит за город, ложится в выкопанную для него могилу и умирает. Позднее появляется предание о его исчезновении из гробницы (четыре варианта «Успения св. Иоанна» в издании Э. Жюно и Ж.Д. Кестли). Исследователям точно не известно, куда можно отнести два эпизода из «Деяний Иоанна» в разделе 113 «Послания Псевдо-Тита»: изгнание беса и проповедь против брака, произнесённая на свадьбе. Учитывая, впрочем, что последняя связана с похвалой девству, соотносящейся с главой 113 из «Деяний Иоанна» (в которой, по мнению исследователей, содержится реминисценция событий из утраченного начала актов), исследователи предполагают, что и эпизод с браком также был в начале «Деяний Иоанна». За исключением вставок откровенно гностического характера (главы 94–102, 109), «Деяния Иоанна» не имеют черт гностицизма. По мнению исследователей, в этом тексте, скорее, есть моменты, связанные с особыми воззрениями автора, которые проявляются, прежде всего, в том, что Бог в «Деяниях Иоанна» полностью отождествляется с Иисусом, другие же Лица Святой Троицы не упоминаются. Иисус в Своём земном служении также представляется не Богочеловеком, а только Всемогущим Богом (главы 87–93). Исследователи полагают, что по этой причине в главах 97–102 появляется крест из света, что указывает на докетический характер этой вставки. Нравственное учение «Деяний Иоанна» сводится к призыву презреть внешнюю сторону человеческой жизни и полностью обратиться к внутренней жизни. Типичной для апокрифических деяний является ссылка на бесов как на виновников дурных поступков людей (главы 47, 63).