В церкви Толгской иконы Божьей Матери место погребения Иоанна находится за левым клиросом. По мнению исследователей, надгробный комплекс был оформлен к освящению храма 15 сентября 1767 г. Над захоронением Иоанна поставлена деревянная рака, сверху лежит икона с живописным изображением Иоанна в масляной технике. Святой в тёмной одежде, со сложенными на груди руками, с небольшой бородой, волосы распущены, глаза открыты. Рака с трёх сторон украшена сюжетными композициями, выполненными на медных листах в технике чеканки, гравировки, канфарения с серебрением и позолотой. Каждый сюжет изображён в картуше с обрамлением пальмовыми листьями. Иконография разработана с использованием текстов о чудотворениях от гроба Иоанна. Мастер самостоятельно составил композиции, без ориентации на надгробную икону. На обращённой к храму боковой стороне помещены три сюжета, среди которых выделен центральный (полностью позолочен): «Преставление с(вя)таго Иоанна Мило(с)тиваго ростовскаго чудотворца». Иоанн в гробу, со сложенными на груди руками, на плечах пряди густых волос, борода окладистая, кудрявая (аналогично изображён в других клеймах). Над святым – ангел с душой почившего (в виде обнажённой фигурки), в облаках Господь встречает ангела. Как и в большинстве композиций, возле гроба стоят духовенство, монахи, исцелённые. Надпись левого сюжета: «Чудо с(вя)таго Иоанна о исцелении монаха Мануила». В тексте пятого чуда монах ростовского Авраамиева монастыря Мануил (Светиков) рассказал о том, что с 1597 по 1641 гг., когда он жил в браке, его жена, дети и работники тяжело болели. После того как их и его самого «привожаху и приношаху яко мертвыя ко святей церкви священномученика Власия и ко гробу блаженнаго Иоанна Власатого», все получили исцеление. Перед гробом Иоанна – монах в земном поклоне, т.е. в отличие от надгробного образа изображено не само чудо исцеления, а рассказавший о нём впоследствии старец. Надпись сюжета справа: «Чудо о исцелении другаго монаха Леонтия». Восьмое чудо повествует, что игумен ростовского Петровского монастыря своей рукой написал об исцелении в 1649 г. от трясавицы. В композиции монах на коленях припадает к гробнице Иоанна. В возглавии раки представлено первое чудо, надпись: «Чудо с(вя)таго Иоанна исцеление митрополита Ростовскаго Кирила». Митрополит Кирилл, которого расслабленным принесли к гробу Иоанна, показан сидящим возле гробницы, т.е. ещё до исцеления. В тексте рассказывается, что при чтении Евангелия «митрополит пременися от недуга» и «отыде от гроба здрав» (на иконе над ракой он изображён в благодарственном поклоне). На раке и на иконе гробу Иоанна предстоит мужчина в княжеском одеянии. На противоположной стороне раки – третье чудо об исцеленной жительнице Ростова Анне, которая год была больна, все суставы её «ослабе и разболеся» (надпись: «С(вятой) Иоанн мил(остивый) исцели жену Анну от расла(бления)»). Здесь больную Анну держат трое мужчин (по тексту, она приползла к гробу Иоанна), а на иконе представлен момент благодарственной молитвы после исцеления. Исследователи полагают, что рака была украшена во второй половине XVIII в., в композициях заметны особенности стиля барокко.